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- PDB-1t9m: X-ray crystal structure of phzG from pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t9m
タイトルX-ray crystal structure of phzG from pseudomonas aeruginosa
要素probable pyridoxamine 5'-phosphate oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / phenazine / phzG / chorismate / pseudomonas
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-NH2に対し酸化酵素として働く / pyridoxal 5'-phosphate synthase / phenazine biosynthetic process / pyridoxamine phosphate oxidase activity / pyridoxine biosynthetic process / FMN binding
類似検索 - 分子機能
Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, conserved site / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase signature. / Pyridoxine 5'-phosphate oxidase, dimerisation, C-terminal / Pyridoxine 5'-phosphate oxidase C-terminal dimerisation region / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, putative / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel ...Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, conserved site / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase signature. / Pyridoxine 5'-phosphate oxidase, dimerisation, C-terminal / Pyridoxine 5'-phosphate oxidase C-terminal dimerisation region / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, putative / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Phenazine biosynthesis protein PhzG
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Parsons, J.F. / Eisenstein, E. / Ladner, J.E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Structure of the phenazine biosynthesis enzyme PhzG.
著者: Parsons, J.F. / Calabrese, K. / Eisenstein, E. / Ladner, J.E.
履歴
登録2004年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN FMN 250 IS ASSOCIATED WITH CHAIN A. FMN 350 IS ASSOCIATED WITH CHAIN B.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: probable pyridoxamine 5'-phosphate oxidase
B: probable pyridoxamine 5'-phosphate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,01810
ポリマ－48,6002
非ポリマー1,4178
水6,539363
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7860 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area17870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.590, 69.020, 89.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a dimer and the dimer is contained in an asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 probable pyridoxamine 5'-phosphate oxidase


分子量: 24300.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: phzG / プラスミド: PET-28A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) / 参照: UniProt: O69755
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M tris, 25% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年3月21日 / 詳細: MSC BLUE CONFOCAL OPTICS
放射モノクロメーター: MSC BLUE CONFOCAL OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→54 Å / Num. obs: 31579 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 5984 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.27精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
d*TREKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1DNL

1dnl


解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.463 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23103 1576 5 %RANDOM
Rwork0.1836 ---
obs0.18604 29938 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.574 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.21 Å20 Å20 Å2
2--0.86 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3296 0 82 371 3749
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0213470
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9541.9754726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7295406
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1620.2478
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022746
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21513
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2130.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2120.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3511.52050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.18823284
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.54531420
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.54.51442
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.002 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.384 244
Rwork0.283 4257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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