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- PDB-6rmv: The crystal structure of a TRP channel peptide bound to a G prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rmv
タイトルThe crystal structure of a TRP channel peptide bound to a G protein beta gamma heterodimer
要素
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
  • Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 3
キーワードPROTEIN BINDING / G protein / TRP Channel / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


new growing cell tip / retinal rod cell development / Activation of the phototransduction cascade / Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / G alpha (z) signalling events ...new growing cell tip / retinal rod cell development / Activation of the phototransduction cascade / Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / G alpha (z) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / G beta:gamma signalling through BTK / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thromboxane signalling through TP receptor / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / G alpha (s) signalling events / G alpha (12/13) signalling events / Ca2+ pathway / G alpha (q) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GPER1 signaling / metal ion transport / cellular response to light stimulus / zinc ion transmembrane transporter activity / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cell tip / zinc ion transmembrane transport / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / temperature-gated ion channel activity / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / TRP channels / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / sodium ion transport / spectrin binding / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / monoatomic cation transmembrane transport / calcium ion import across plasma membrane / phototransduction, visible light / monoatomic cation transport / photoreceptor outer segment / monoatomic cation channel activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cardiac muscle cell apoptotic process / visual perception / protein tetramerization / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / intracellular protein localization / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / sensory perception of taste / myelin sheath / GTPase binding / retina development in camera-type eye / fibroblast proliferation / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to hypoxia / protein homotetramerization / cell population proliferation / calmodulin binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / axon / GTPase activity / synapse / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TRPM, tetramerisation domain / TRPM, tetramerisation domain superfamily / Tetramerisation domain of TRPM / TRPM, SLOG domain / : / SLOG in TRPM / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily ...TRPM, tetramerisation domain / TRPM, tetramerisation domain superfamily / Tetramerisation domain of TRPM / TRPM, SLOG domain / : / SLOG in TRPM / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / Ion transport domain / Ion transport protein / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Transient receptor potential cation channel subfamily M member 1 / Transient receptor potential cation channel subfamily M member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Gruss, F. / Oberwinkler, J. / Ulens, C.
資金援助2件
組織認可番号国
Fonds Wetenschappelijk Onderzoek - VlaanderenG0C9717N
European Union665501
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: The structural basis for an on-off switch controlling G beta gamma-mediated inhibition of TRPM3 channels.
著者: Behrendt, M. / Gruss, F. / Enzeroth, R. / Dembla, S. / Zhao, S. / Crassous, P.A. / Mohr, F. / Nys, M. / Louros, N. / Gallardo, R. / Zorzini, V. / Wagner, D. / Economou, A. / Rousseau, F. / ...著者: Behrendt, M. / Gruss, F. / Enzeroth, R. / Dembla, S. / Zhao, S. / Crassous, P.A. / Mohr, F. / Nys, M. / Louros, N. / Gallardo, R. / Zorzini, V. / Wagner, D. / Economou, A. / Rousseau, F. / Schymkowitz, J. / Philipp, S.E. / Rohacs, T. / Ulens, C. / Oberwinkler, J.
履歴
登録2019年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
C: Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2864
ポリマ－47,1943
非ポリマー921
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, binding observed with pull-down experiments, homology, homology to PDB 1XHM, surface plasmon resonance, binding observed with bio-layer interferometry (BLI) ...根拠: assay for oligomerization, binding observed with pull-down experiments, homology, homology to PDB 1XHM, surface plasmon resonance, binding observed with bio-layer interferometry (BLI) experiments, which is conceptionally similar to surface plasmon resonance (SPR)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area18310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.860, 80.432, 113.587
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 37416.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gnb1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62874
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 8046.260 Da / 分子数: 1 / Mutation: C68S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gng2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P63213
#3: タンパク質・ペプチド Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 3


分子量: 1731.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: TRPM3 exon 17 - encoded residues including 2 N-terminal and 3 C-terminal flanking residues
由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q5F4S7, UniProt: Q2TV84*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.58 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 15% (w/v) polyethylene glycol 4,000, 7.5% (v/v) isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9754 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9754 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→42.52 Å / Num. obs: 31659 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.94→2.01 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.28 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3044 / CC1/2: 0.528 / Rpim(I) all: 0.795 / Rrim(I) all: 1.51 / % possible all: 98.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.22 Å42.52 Å
Translation6.22 Å42.52 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XHM

1xhm


解像度: 1.94→42.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 4.597 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.147
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2243 1558 4.9 %RANDOM
Rwork0.1878 ---
obs0.1896 30048 99.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso max: 105.39 Å2 / Biso mean: 45.023 Å2 / Biso min: 25.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å20 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→42.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3179 0 6 122 3307
Biso mean--69.4 42.07 -
残基数----412
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0193247
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022975
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2111.9444393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87336890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8935413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.51623.784148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.31615554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5731526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023653
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02677
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 105 -
Rwork0.303 2170 -
obs--97.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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