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- PDB-1t7h: X-ray structure of [Lys(-2)-Arg(-1)-des(17-21)]-endothelin-1 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t7h
タイトルX-ray structure of [Lys(-2)-Arg(-1)-des(17-21)]-endothelin-1 peptide
要素Endothelin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / endothelin / dimer / salt bridge / cysteine stabilized helical motif
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endothelin A receptor binding / rhythmic excitation / negative regulation of phospholipase C/protein kinase C signal transduction / peptide hormone secretion / endothelin B receptor binding / cellular response to human chorionic gonadotropin stimulus / meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / positive regulation of artery morphogenesis ...: / endothelin A receptor binding / rhythmic excitation / negative regulation of phospholipase C/protein kinase C signal transduction / peptide hormone secretion / endothelin B receptor binding / cellular response to human chorionic gonadotropin stimulus / meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / positive regulation of artery morphogenesis / histamine secretion / neural crest cell fate commitment / vein smooth muscle contraction / glomerular endothelium development / response to prostaglandin F / sympathetic neuron axon guidance / positive regulation of sarcomere organization / noradrenergic neuron differentiation / leukocyte activation / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / maternal process involved in parturition / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / body fluid secretion / rough endoplasmic reticulum lumen / positive regulation of renal sodium excretion / pharyngeal arch artery morphogenesis / regulation of D-glucose transmembrane transport / endothelin receptor signaling pathway involved in heart process / positive regulation of odontogenesis / epithelial fluid transport / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of hormone secretion / response to ozone / Weibel-Palade body / endothelin receptor signaling pathway / podocyte differentiation / positive regulation of cation channel activity / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / response to leptin / renal sodium ion absorption / axonogenesis involved in innervation / glomerular filtration / positive regulation of smooth muscle contraction / artery smooth muscle contraction / positive regulation of prostaglandin secretion / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / cellular response to luteinizing hormone stimulus / vasoconstriction / respiratory gaseous exchange by respiratory system / regulation of pH / cellular response to mineralocorticoid stimulus / basal part of cell / response to salt / positive regulation of urine volume / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / positive regulation of hormone secretion / cellular response to toxic substance / dorsal/ventral pattern formation / embryonic heart tube development / cellular response to fatty acid / cartilage development / axon extension / positive regulation of neutrophil chemotaxis / prostaglandin biosynthetic process / superoxide anion generation / signal transduction involved in regulation of gene expression / negative regulation of protein metabolic process / middle ear morphogenesis / nitric oxide transport / cellular response to glucocorticoid stimulus / branching involved in blood vessel morphogenesis / response to dexamethasone / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / response to testosterone / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / thyroid gland development / cAMP/PKA signal transduction / membrane depolarization / cellular response to interleukin-1 / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of cell size / canonical Wnt signaling pathway / response to amino acid / regulation of vasoconstriction / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of heart rate / transport vesicle / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / response to muscle stretch / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of calcium-mediated signaling / cellular response to calcium ion / Peptide ligand-binding receptors / response to amphetamine / response to activity / cytokine activity
類似検索 - 分子機能
Endothelin-like toxin / Endothelin-like toxin, conserved site / Endothelin / Endothelin family / Endothelin family signature. / Endothelin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.13 Å
データ登録者Hoh, F. / Cerdan, R. / Kaas, Q. / Nishi, Y. / Chiche, L. / Kubo, S. / Chino, N. / Kobayashi, Y. / Dumas, C. / Aumelas, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: High-resolution X-ray structure of the unexpectedly stable dimer of the [Lys(-2)-Arg(-1)-des(17-21)]endothelin-1 peptide
著者: Hoh, F. / Cerdan, R. / Kaas, Q. / Nishi, Y. / Chiche, L. / Kubo, S. / Chino, N. / Kobayashi, Y. / Dumas, C. / Aumelas, A.
履歴
登録2004年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endothelin-1
B: Endothelin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2872
ポリマ－4,2872
非ポリマー00
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area750 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area2810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.136, 53.926, 19.486
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-36-

HOH

21B-31-

HOH

詳細the biological assembly is a dimer

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Endothelin-1 / ET-1 / [Lys(-2)-Arg(-1)-des(17-21)]-endothelin-1


分子量: 2143.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EDN1 / 参照: UniProt: P05305
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33 %
結晶化温度: 291 K / pH: 5
詳細: PEG 4000, isopropanol, sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K, pH 5.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.8
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月15日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.13→18.3 Å / Num. obs: 12081 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル解像度: 1.13→1.16 Å / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.9999精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.13→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 0.602 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.027 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.134 613 4.8 %RANDOM
Rwork0.12 ---
obs0.122 12054 99.2 %-
all-12054 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.13→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数307 0 0 58 365
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.021315
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02272
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.931.986417
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0363647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.344534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.31322.30813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.9891570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg5.892152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0264
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.291
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.260.2325
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.2177
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.225
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2030.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2490.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1830.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1841.5238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.651.576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4622301
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7223155
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6194.5116
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.8533709
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.41358
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.3313579
LS精密化 シェル解像度: 1.13→1.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.17 49
Rwork0.151 803

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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