PDB-6klm: NMR solution structure of Roseltide rT7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6klm

タイトル

NMR solution structure of Roseltide rT7

要素

Roseltide rT7

キーワード

PLANT PROTEIN / Roseltide

生物種

Hibiscus sabdariffa (植物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Fan, J.S. / Kam, A. / Loo, S. / Yang, D. / Tam, P.J.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Roseltide rT7 is a disulfide-rich, anionic, and cell-penetrating peptide that inhibits proteasomal degradation.
著者: Kam, A. / Loo, S. / Fan, J.S. / Sze, S.K. / Yang, D. / Tam, J.P.

履歴

登録	2019年7月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6klm.cif.gz	167.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6klm.ent.gz	138 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6klm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/6klm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/6klm	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3loe-d 1zmm-4 4e86-8 3qte-1 4rbx-d 2ky3-d 2mel-d 6k51-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 36273NMR solution structure of Roseltide rT7

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Roseltide rT7

3.71 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	17 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Roseltide rT7 分子量: 3707.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hibiscus sabdariffa (植物)
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-1H ROESY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 1.0 mM Roseltide, 90% H2O/10% D2O / Label: native / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1.0 mM / 構成要素: Roseltide / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	イオン強度: 0 mM / Label: condition_1 / pH: 4 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 307 K / Temperature err: 0.5

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz / 詳細: with cryoprobe

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	Brunger A. T. et.al.	精密化
Sparky	Goddard	データ解析
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
Sparky	Goddard	peak picking

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 17

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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