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万見
- PDB-1t6o: Nucleocapsid-binding domain of the measles virus P protein (amino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t6o
タイトルNucleocapsid-binding domain of the measles virus P protein (amino acids 457-507) in complex with amino acids 486-505 of the measles virus N protein
要素
  • (phosphoprotein) x 2
  • linker
キーワードVIRAL PROTEIN / four helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral genome replication / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / molecular adaptor activity / ribonucleoprotein complex / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase, phosphoprotein P, C-terminal XD, paramyxovirinae / Paramyxovirus structural protein P/V, N-terminal domain / Paramyxovirus structural protein V/P N-terminus / P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal / Paramyxovirus nucleocapsid protein / Paramyxovirus nucleocapsid protein / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Phosphoprotein / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Measles virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kingston, R.L. / Hamel, D.J. / Gay, L.S. / Dahlquist, F.W. / Matthews, B.W.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Structural basis for the attachment of a paramyxoviral polymerase to its template.
著者: Kingston, R.L. / Hamel, D.J. / Gay, L.S. / Dahlquist, F.W. / Matthews, B.W.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Characterization of nucleocapsid binding by the measles and the mumps virus phosphoprotein
著者: Kingston, R.L. / Baase, W.A. / Gay, L.S.
履歴
登録2004年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE Structure of a chimeric molecule encompassing amino acids 457-507 of measles P and 486-505 ...SEQUENCE Structure of a chimeric molecule encompassing amino acids 457-507 of measles P and 486-505 of measles N. They are connected by a flexible 8 amino acid linker (GS)4, which is largely disordered in the crystal structure. The asymmetric unit of the crystal contains the P moiety from one molecule (chain A) bound to the N moiety of a different molecule (Chain B). Link record between chain A and L is not provided since the part of the chain L which is linked to chain A is missing from the coordinates due to lack of electron density.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: phosphoprotein
L: linker
B: phosphoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6483
ポリマ－8,6483
非ポリマー00
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.226, 42.226, 81.778
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 phosphoprotein


分子量: 5891.055 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 457-507 / 変異: P458G / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimeric molecule encompassing amino acids 457-507 of measles P (chain A) and 486-505 of measles N (chain B). They are connected by a flexible 8 amino acid linker (GS)4 (chain L)
由来: (組換発現) Measles virus (ウイルス) / 属: Morbillivirus / 株: Moraten vaccine strain / 遺伝子: P/V / プラスミド: pET41a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Star(DE3) / 参照: GenBank: 9181875, UniProt: Q77M42*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド linker


分子量: 594.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic linker
#3: タンパク質・ペプチド phosphoprotein


分子量: 2162.453 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 486-505 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Measles virus (ウイルス) / 属: Morbillivirus / 株: Moraten vaccine strain / 遺伝子: N / プラスミド: pET41a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Star(DE3) / 参照: GenBank: 9181874, UniProt: Q77M43*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.64 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.1
詳細: 0.2M AMPSO/KOH buffer, 0.5 - 1.0 M Ammonium sulfate, pH 9.1, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年3月4日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. all: 5306 / Num. obs: 5306 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
TNT精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OKS.pdb

1oks


解像度: 2→25 Å / Isotropic thermal model: Individual Isotropic B / 交差検証法: test set omitted from all refinement / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 307 -RANDOM
Rwork0.23 ---
all0.232 5306 --
obs0.232 5306 97.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: Moews & Kretsinger / Bsol: 300 Å2 / ksol: 0.85 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.884 Å20 Å20 Å2
2---2.884 Å20 Å2
3---5.768 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数548 0 0 28 576
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.004827
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.84607
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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