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万見
- PDB-1t5o: Crystal structure of the translation initiation factor eIF-2B, su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t5o
タイトルCrystal structure of the translation initiation factor eIF-2B, subunit delta, from A. fulgidus
要素Translation initiation factor eIF2B, subunit delta
キーワードTRANSLATION / translation initiation factor / subunit delta / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase / S-methyl-5-thioribose-1-phosphate isomerase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine
類似検索 - 分子機能
Methylthioribose-1-phosphate isomerase / Initiation factor 2B alpha/beta/delta / translation initiation factor eif-2b, domain 1 / Methylthioribose-1-phosphate isomerase, N-terminal / Translation initiation factor eif-2b; domain 2 / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / NagB/RpiA transferase-like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Methylthioribose-1-phosphate isomerase / Initiation factor 2B alpha/beta/delta / translation initiation factor eif-2b, domain 1 / Methylthioribose-1-phosphate isomerase, N-terminal / Translation initiation factor eif-2b; domain 2 / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / NagB/RpiA transferase-like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative methylthioribose-1-phosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of the translation initiation factor eIF-2B, subunit delta, from A. fulgidus
著者: Malashkevich, V.N. / Almo, S.C.
履歴
登録2004年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor eIF2B, subunit delta
B: Translation initiation factor eIF2B, subunit delta
C: Translation initiation factor eIF2B, subunit delta
D: Translation initiation factor eIF2B, subunit delta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,1514
ポリマ－156,1514
非ポリマー00
水25,1851398
1
A: Translation initiation factor eIF2B, subunit delta
B: Translation initiation factor eIF2B, subunit delta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,0752
ポリマ－78,0752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area27410 Å2
手法PISA
2
C: Translation initiation factor eIF2B, subunit delta
D: Translation initiation factor eIF2B, subunit delta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,0752
ポリマ－78,0752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area27630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.575, 110.202, 141.498
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is dimer: chains A and B, or C and D.

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要素

#1: タンパク質
Translation initiation factor eIF2B, subunit delta / eif2BD


分子量: 39037.641 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: gene eif2BD / 由来: (天然) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 参照: UniProt: O29877
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium dihydrogen phosphate, NaCl, methionine, glycerol, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU30011.5418
シンクロトロンNSLS X9A20.97946, 0.97919, 0.97904,0.97178
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE2003年11月24日yale mirrors
MARRESEARCH2CCD
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Ni filterSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.979461
30.979191
40.979041
50.971781
反射解像度: 1.9→35 Å / Num. all: 130250 / Num. obs: 121790 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.536 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 11757 / Rsym value: 0.536 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→9.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2878350.08 / Data cutoff high rms absF: 2878350.08 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 8714 7.2 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.197 129412 --
obs0.197 121001 93.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 70.8377 Å2 / ksol: 0.413383 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.59 Å20 Å20 Å2
2---1.85 Å20 Å2
3----4.73 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→9.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10604 0 0 1398 12002
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.08
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.371.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.412
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.562.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 1457 7.4 %
Rwork0.359 18130 -
obs--91.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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