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万見
- PDB-1t3j: Mitofusin domain HR2 V686M/I708M mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t3j
タイトルMitofusin domain HR2 V686M/I708M mutant
要素mitofusin 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / coiled coil antiparallel / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOT2 GTPase cycle / outer mitochondrial membrane protein complex / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / positive regulation of mitochondrial fusion / mitochondrion localization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / GTP metabolic process / mitochondrial fusion / positive regulation of mitochondrial membrane potential ...RHOT2 GTPase cycle / outer mitochondrial membrane protein complex / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / positive regulation of mitochondrial fusion / mitochondrion localization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / GTP metabolic process / mitochondrial fusion / positive regulation of mitochondrial membrane potential / intracellular distribution of mitochondria / negative regulation of mitochondrial fission / mitochondrion organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / GTPase activity / GTP binding / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Fzo/mitofusin HR2 domain / fzo-like conserved region / Mitofusin family / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle ...Fzo/mitofusin HR2 domain / fzo-like conserved region / Mitofusin family / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Koshiba, T. / Detmer, S.A. / Kaiser, J.T. / Chen, H. / McCaffery, J.M. / Chan, D.C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2004
タイトル: Structural basis of mitochondrial tethering by mitofusin complexes
著者: Koshiba, T. / Detmer, S.A. / Kaiser, J.T. / Chen, H. / McCaffery, J.M. / Chan, D.C.
履歴
登録2004年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mitofusin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1071
ポリマ－11,1071
非ポリマー00
水59433
1
A: mitofusin 1

A: mitofusin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2152
ポリマ－22,2152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation19_655-x+5/4,-z+1/4,-y+1/41
Buried area2890 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area9360 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)162.830, 162.830, 162.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number210
Space group name H-MF4132
詳細The second part of the dimer is generated by the twofold axis: -X+1/4, -Z+1/4, -Y+1/4

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要素

#1: タンパク質 mitofusin 1


分子量: 11107.447 Da / 分子数: 1 / 変異: V686M, I708M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: MFN1 / プラスミド: pET28a(+),pET28-MFN1-HR2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q811U4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: Isopropanol, TRIS, Ammonium Acetate, PEG 200, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9795, 0.9797, 0.9641, 0.9800
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月22日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97971
30.96411
40.981
反射解像度: 2.5→27.52 Å / Num. all: 6772 / Num. obs: 6772 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 44.1 Å2 / Limit h max: 65 / Limit h min: 5 / Limit k max: 46 / Limit k min: 5 / Limit l max: 37 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 2907765.71 / Observed criterion F min: 14.9 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 319 / Rsym value: 0.463 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→14.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 669 9.9 %random
Rwork0.241 ---
all-6772 --
obs-6772 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: bulk solvent / Bsol: 52.5258 Å2 / ksol: 0.388799 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 99.67 Å2 / Biso mean: 52.81 Å2 / Biso min: 26.39 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.36 Å
Luzzati d res high-2.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→14.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数513 0 0 33 546
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg17.1
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.77
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.5-2.610.397708.60.3247430.047813813100
2.61-2.750.377759.20.3067400.04481881599.6
2.75-2.920.288809.70.2777490.032829829100
2.92-3.150.2669211.10.2417390.028831831100
3.15-3.460.315839.90.247530.03583883699.8
3.46-3.950.254829.60.2067710.02885485399.9
3.95-4.950.25839.70.2067740.027857857100
4.95-14.860.29910411.40.2628060.02993991096.8
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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