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- PDB-1t31: A Dual Inhibitor of the Leukocyte Proteases Cathepsin G and Chyma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t31
タイトルA Dual Inhibitor of the Leukocyte Proteases Cathepsin G and Chymase with Therapeutic Efficacy in Animals Models of Inflammation
要素Chymase
キーワードHYDROLASE / HUMAN CHYMASE / SERINE PROTEINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


chymase / basement membrane disassembly / cytokine precursor processing / peptide metabolic process / midbrain development / Activation of Matrix Metalloproteinases / extracellular matrix disassembly / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / serine-type peptidase activity ...chymase / basement membrane disassembly / cytokine precursor processing / peptide metabolic process / midbrain development / Activation of Matrix Metalloproteinases / extracellular matrix disassembly / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / serine-type peptidase activity / secretory granule / cellular response to glucose stimulus / peptide binding / Signaling by SCF-KIT / protein catabolic process / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of angiogenesis / regulation of inflammatory response / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / serine-type endopeptidase activity / extracellular space / extracellular region / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-OHH / Chymase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者de Garavilla, L. / Greco, M.N. / Giardino, E.C. / Wells, G.I. / Haertlein, B.J. / Kauffman, J.A. / Corcoran, T.W. / Derian, C.K. / Eckardt, A.J. / Abraham, W.M. ...de Garavilla, L. / Greco, M.N. / Giardino, E.C. / Wells, G.I. / Haertlein, B.J. / Kauffman, J.A. / Corcoran, T.W. / Derian, C.K. / Eckardt, A.J. / Abraham, W.M. / Sukumar, N. / Chen, Z. / Pineda, A.O. / Mathews, F.S. / Di Cera, E. / Andrade-Gordon, P. / Damiano, B.P. / Maryanoff, B.E. / Pereira, P.J.B. / Wang, Z.M. / Rubin, H. / Huber, R. / Bode, W. / Schechter, N.M. / Strobl, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: A novel, potent dual inhibitor of the leukocyte proteases cathepsin G and chymase: molecular mechanisms and anti-inflammatory activity in vivo.
著者: de Garavilla, L. / Greco, M.N. / Sukumar, N. / Chen, Z.W. / Pineda, A.O. / Mathews, F.S. / Di Cera, E. / Giardino, E.C. / Wells, G.I. / Haertlein, B.J. / Kauffman, J.A. / Corcoran, T.W. / ...著者: de Garavilla, L. / Greco, M.N. / Sukumar, N. / Chen, Z.W. / Pineda, A.O. / Mathews, F.S. / Di Cera, E. / Giardino, E.C. / Wells, G.I. / Haertlein, B.J. / Kauffman, J.A. / Corcoran, T.W. / Derian, C.K. / Eckardt, A.J. / Damiano, B.P. / Andrade-Gordon, P. / Maryanoff, B.E.
履歴
登録2004年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chymase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,23513
ポリマ－24,9921
非ポリマー2,24312
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: Chymase
ヘテロ分子

A: Chymase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,47026
ポリマ－49,9842
非ポリマー4,48624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area7590 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area20340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.417, 131.733, 49.219
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-902-

SO4

21A-902-

SO4

31A-909-

CO

41A-1002-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Chymase / Mast cell protease I


分子量: 24991.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CMA1, CYM, CYH
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P23946, chymase

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 229分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#6: 化合物 ChemComp-OHH / 2-[3-({METHYL[1-(2-NAPHTHOYL)PIPERIDIN-4-YL]AMINO}CARBONYL)-2-NAPHTHYL]-1-(1-NAPHTHYL)-2-OXOETHYLPHOSPHONIC ACID


分子量: 670.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H35N2O6P
#7: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: ammonium sulfate, MES, cobalt chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 296.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 24378 / Num. obs: 20258 / % possible obs: 83.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 10.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 2394 / % possible all: 52.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PJP

1pjp


解像度: 1.9→40 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 947 -RANDOM
Rwork0.198 ---
all-24575 --
obs-19651 80 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1755 0 139 219 2113
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
1.9-2.020.3374800.2329X-RAY DIFFRACTION1887
2.02-2.170.29071360.2093X-RAY DIFFRACTION2443
2.17-2.390.26571740.2114X-RAY DIFFRACTION2960
2.39-2.740.24921570.2094X-RAY DIFFRACTION3529
2.74-3.450.24682160.2114X-RAY DIFFRACTION3798
3.45-200.19991840.181X-RAY DIFFRACTION4087

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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