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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t1h
タイトルNMR solution structure of the U box domain from AtPUB14, an armadillo repeat containing protein from Arabidopsis thaliana
要素armadillo repeat containing protein
キーワードLIGASE / UBIQUITIN LIGASE / E3 LIGASE / ARABIDOPSIS / U-BOX
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane receptor protein serine/threonine kinase binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / protein ubiquitination
類似検索 - 分子機能
PUB protein, U-box domain, plant / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) ...PUB protein, U-box domain, plant / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
U-box domain-containing protein 14
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Andersen, P. / Kragelund, B.B. / Olsen, A.N. / Larsen, F.H. / Chua, N.-H. / Poulsen, F.M. / Skriver, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure and Biochemical Function of a Prototypical Arabidopsis U-box Domain
著者: Andersen, P. / Kragelund, B.B. / Olsen, A.N. / Larsen, F.H. / Chua, N.-H. / Poulsen, F.M. / Skriver, K.
履歴
登録2004年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: armadillo repeat containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7631
ポリマ－8,7631
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 armadillo repeat containing protein / GSPEF-ATPUB14


分子量: 8762.994 Da / 分子数: 1 / 断片: U-box domain (249-321) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
プラスミド: pGEX-4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8VZ40

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N HSQC, HN(CA)CB,CBCA(CO)NH, HNCO
122HN(CA)CO
1333D 15N-separated TOCSY, 3D 15N-separated NOESY
1443D 13C-separated TOCSY
1553D 13C-separated TOCSY, 3D 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.9 mM GSPEF-AtPUB14(249-321) U-15N,13C, 20 mM sodium phosphate, 0.15 M NaCl, 1 mM DTT, 10% D2010% D20, 90% H20
20.6 mM GSPEF-AtPUB14(249-321) U-15N,13C, 20 mM sodium phosphate, 0.15 M NaCl, 1 mM DTT, 10% D2010% D20, 90% H20
30.6 mM GSPEF-AtPUB14(249-321) U-15N, 20 mM sodium phosphate, 0.15 M NaCl, 1 mM DTT, 10% D2010% D20, 90% H20
40.4 mM GSPEF-AtPUB14(249-321) U-15N,13C, 20 mM sodium phosphate, 0.15 M NaCl, 1 mM DTT, 99.96% D2099.96% D20, 0.04% H2O
50.5 mM GSPEF-AtPUB14(249-321) U-15N,13C, 20 mM sodium phosphate, 0.15 M NaCl, 1 mM DTT, 99.96% D2099.96% D20, 0.04% H2O
試料状態イオン強度: 20 mM sodium phosphate, 0.15M NaCl / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITY INOVAVarianUNITY INOVA7501
Varian UNITY INOVAVarianUNITY INOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン分類
NMRPipe解析
Pronto20020517データ解析
CYANA構造決定
X-PLORV3.840構造決定
CNS1.1精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 1083 NOE-derived distance constraints and 88 dihedral angle contraints
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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