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- PDB-1t01: Vinculin complexed with the VBS1 helix from talin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t01
タイトルVinculin complexed with the VBS1 helix from talin
要素
  • Talin 1
  • unnamed protein product
キーワードCELL ADHESION / STRUCTURAL PROTEIN / five helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


muscle tendon junction / Platelet degranulation / Smooth Muscle Contraction / regulation of protein localization to adherens junction / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / podosome ring / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / Integrin signaling / Smooth Muscle Contraction ...muscle tendon junction / Platelet degranulation / Smooth Muscle Contraction / regulation of protein localization to adherens junction / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / podosome ring / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / Integrin signaling / Smooth Muscle Contraction / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / MAP2K and MAPK activation / terminal web / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / LIM domain binding / Platelet degranulation / dystroglycan binding / muscle alpha-actinin binding / MAP2K and MAPK activation / alpha-catenin binding / vinculin binding / fascia adherens / cell-cell contact zone / integrin activation / adherens junction assembly / apical junction assembly / costamere / regulation of establishment of endothelial barrier / cell-substrate junction assembly / axon extension / protein localization to cell surface / lamellipodium assembly / cortical actin cytoskeleton organization / regulation of focal adhesion assembly / phosphatidylserine binding / alpha-actinin binding / brush border / skeletal muscle myofibril / stress fiber / regulation of cell migration / ruffle / phosphatidylinositol binding / Neutrophil degranulation / cell projection / integrin-mediated signaling pathway / morphogenesis of an epithelium / adherens junction / neuromuscular junction / structural constituent of cytoskeleton / sarcolemma / beta-catenin binding / platelet aggregation / ruffle membrane / Z disc / cell-cell adhesion / cell-cell junction / actin filament binding / actin cytoskeleton / integrin binding / scaffold protein binding / mitochondrial inner membrane / cytoskeleton / cell adhesion / cadherin binding / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / structural molecule activity / cell surface / protein homodimerization activity / protein-containing complex / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vinculin repeated domain signature. / : / Talin, R4 domain / Vinculin / Alpha-catenin/vinculin-like / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, N-terminal F0 domain / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment ...Vinculin repeated domain signature. / : / Talin, R4 domain / Vinculin / Alpha-catenin/vinculin-like / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, N-terminal F0 domain / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / N-terminal or F0 domain of Talin-head FERM / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / Phosphotyrosine-binding domain / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Vinculin / Talin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Papagrigoriou, E. / Gingras, A.R. / Barsukov, I.L. / Critchley, D.R. / Emsley, J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Activation of a vinculin-binding site in the talin rod involves rearrangement of a five-helix bundle
著者: PAPAGRIGORIOU, E. / GINGRAS, A.R. / BARSUKOV, I.L. / Bate, N. / Fillingham, I.J. / Patel, B. / Frank, R. / Ziegler, W.H. / Roberts, G.C. / Critchley, D.R. / Emsley, J.
履歴
登録2004年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: unnamed protein product
B: Talin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9302
ポリマ－30,9302
非ポリマー00
水5,603311
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area14540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.645, 71.421, 96.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 unnamed protein product


分子量: 28523.053 Da / 分子数: 1 / 断片: vinculin head / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: VCL / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P12003
#2: タンパク質・ペプチド Talin 1


分子量: 2406.803 Da / 分子数: 1 / 断片: talin (vinculin binding site 1) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: TLN1, TLN / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P26039
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.5
詳細: 30%PEG 5000, 0.1M MES, 0.2M Ammonium Sulphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 6.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.972
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: 0.9 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 24132 / % possible obs: 98.4 % / Rsym value: 0.059
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.509 / Rsym value: 0.495 / % possible all: 90.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 最高解像度: 2.06 Å
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.303 1069 RANDOM
Rwork0.23 --
obs-22582 -
原子変位パラメータBiso mean: 49.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2160 0 0 311 2471
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4861.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.412
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2912
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.4442.5
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.027
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 127 -
Rwork0.306 --
obs--86.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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