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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1syz | ||||||
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タイトル | Solution structure of the S. Cerevisiae U6 intramolecular stem loop (ISL) RNA at pH 5.7 | ||||||
要素 | U6 INTRAMOLECULAR STEM-LOOP RNA | ||||||
キーワード | RNA / Stem-loop / GNRA-like tetratloop / A-C Wobble pair / Internal loop | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | 溶液NMR / XPLOR-NIH 2.0.6. | ||||||
データ登録者 | Reiter, N.J. / Blad, H. / Abildgaard, F. / Butcher, S.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: Dynamics in the U6 RNA Intramolecular Stem-Loop: A Base Flipping Conformational Change. 著者: Reiter, N.J. / Blad, H. / Abildgaard, F. / Butcher, S.E. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Dynamics in the U6 RNA intramolecular stem loop structure: II. Analysis of conformational exchange and metal binding using 13C NMR relaxation 著者: Blad, H. / Reiter, N.J. / Abildgaard, F. / Butcher, S.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1syz.cif.gz | 211.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1syz.ent.gz | 175.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1syz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1syz_validation.pdf.gz | 325.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1syz_full_validation.pdf.gz | 419.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1syz_validation.xml.gz | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1syz_validation.cif.gz | 24.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/1syz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/1syz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1sy5 |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 7668.615 Da / 分子数: 1 / 変異: A62G / 由来タイプ: 合成 詳細: IN VITRO T7 RNA POLYMERASE TRANSCRIPTION. THE SEQUENCE IS FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: 13C, 15N Istopically labelled RNA |
-試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | ||||||||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: XPLOR-NIH 2.0.6. / ソフトェア番号: 1 詳細: Method allowed for the incorporation of 29 residual dipolar couplings into the structure refinement process. | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 14 |