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- PDB-1sys: Crystal structure of HLA, B*4403, and peptide EEPTVIKKY -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sys
タイトルCrystal structure of HLA, B*4403, and peptide EEPTVIKKY
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Sorting nexin 5
  • leukocyte antigen (HLA) class I molecule
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA / MHC / Class I / B44
機能・相同性
機能・相同性情報


retromer, tubulation complex / epidermal growth factor catabolic process / pinocytosis / cytoplasmic side of early endosome membrane / tubular endosome / macropinocytic cup / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / retromer complex / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation ...retromer, tubulation complex / epidermal growth factor catabolic process / pinocytosis / cytoplasmic side of early endosome membrane / tubular endosome / macropinocytic cup / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / retromer complex / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of interleukin-6 production / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / TAP binding / brush border / dynactin binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / regulation of macroautophagy / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / D1 dopamine receptor binding / detection of bacterium / phagocytic cup / negative regulation of blood pressure / ruffle / phosphatidylinositol binding / secretory granule membrane / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / intracellular protein transport / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / defense response / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cytoplasmic side of plasma membrane / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / protein-folding chaperone binding / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / adaptive immune response / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endosome / immune response / cadherin binding / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / Golgi membrane
類似検索 - 分子機能
SNX5, PX domain / Sorting nexin-5 / Sorting nexin-5/6/32 / Sorting nexin Vps5-like, C-terminal / Vps5 C terminal like / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / AH/BAR domain superfamily ...SNX5, PX domain / Sorting nexin-5 / Sorting nexin-5/6/32 / Sorting nexin Vps5-like, C-terminal / Vps5 C terminal like / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / AH/BAR domain superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin / Sorting nexin-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zernich, D. / Purcell, A.W. / Macdonald, W.A. / Kjer-Nielsen, L. / Ely, L.K. / Laham, N. / Crockford, T. / Mifsud, N.A. / Tait, B.D. / Holdsworth, R. ...Zernich, D. / Purcell, A.W. / Macdonald, W.A. / Kjer-Nielsen, L. / Ely, L.K. / Laham, N. / Crockford, T. / Mifsud, N.A. / Tait, B.D. / Holdsworth, R. / Brooks, A.G. / Bottomley, S.P. / Beddoe, T. / Peh, C.A. / Rossjohn, J. / McCluskey, J.
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2004
タイトル: Natural HLA class I polymorphism controls the pathway of antigen presentation and susceptibility to viral evasion
著者: Zernich, D. / Purcell, A.W. / Macdonald, W.A. / Kjer-Nielsen, L. / Ely, L.K. / Laham, N. / Crockford, T. / Mifsud, N.A. / Bharadwaj, M. / Chang, L. / Tait, B.D. / Holdsworth, R. / Brooks, A.G. ...著者: Zernich, D. / Purcell, A.W. / Macdonald, W.A. / Kjer-Nielsen, L. / Ely, L.K. / Laham, N. / Crockford, T. / Mifsud, N.A. / Bharadwaj, M. / Chang, L. / Tait, B.D. / Holdsworth, R. / Brooks, A.G. / Bottomley, S.P. / Beddoe, T. / Peh, C.A. / Rossjohn, J. / McCluskey, J.
履歴
登録2004年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: leukocyte antigen (HLA) class I molecule
B: Beta-2-microglobulin
C: Sorting nexin 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9663
ポリマ－44,9663
非ポリマー00
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.823, 81.985, 110.155
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 leukocyte antigen (HLA) class I molecule


分子量: 31978.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / プラスミド: PET30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P30481, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / HDCMA22P


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Sorting nexin 5


分子量: 1108.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Homo sapiens (human).
参照: UniProt: Q9Y5X3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: PEG 4000, 0.2M Ammonium Acetate, 0.2M Sodium Citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→45 Å / Num. obs: 18236

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→45 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.271 -
Rwork0.241 -
obs-17688
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3162 0 0 186 3348

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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