PDB-1svd: The structure of Halothiobacillus neapolitanus RuBisCo

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1svd

タイトル

The structure of Halothiobacillus neapolitanus RuBisCo

要素

Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit

キーワード

LYASE / beta-alpha-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxysome / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Halothiobacillus neapolitanus (紅色硫黄細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Kerfeld, C.A. / Sawaya, M.R. / Pashkov, I. / Cannon, G. / Williams, E. / Tran, K. / Yeates, T.O.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of Halothiobacillus neapolitanus RuBisCo
著者: Kerfeld, C.A. / Sawaya, M.R. / Pashkov, I. / Cannon, G. / Williams, E. / Tran, K. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2004年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1svd.cif.gz	130.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1svd.ent.gz	100 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1svd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1svd_validation.pdf.gz	452.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1svd_full_validation.pdf.gz	454.9 KB	表示
XML形式データ	1svd_validation.xml.gz	24.5 KB	表示
CIF形式データ	1svd_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/1svd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/1svd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1rblS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1zfj-d 3rub-d 6o5z-d 5vg6-5 1rlc-d 5wt5-2 3oh1-d 2p5u-1 6p7g-1 6fae-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#11 - 2000年11月ルビスコ (Rubisco) 類似性 (16)

登録構造単位

A: ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit

M: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain

ヘテロ分子

65.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit

M: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain

ヘテロ分子

x 8

ソフトウェアが定義した集合体
527 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	5_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	6_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	7_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	8_555	-y,-x,-z	1

3

A: ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit

M: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain

ヘテロ分子

A: ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit

M: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

A: ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit

M: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain

ヘテロ分子

A: ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit

M: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.066, 157.066, 107.609
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-681- HOH
2	1	M-170- HOH

詳細

The biological assembly is an L(8)S(8) octamer generated from the large(L) and small (S) subnits in the asymmetric unit by the operations: X,Y,Z; -X,-Y,Z; -Y,X,Z; Y,-X,Z; -X,Y,-Z; X,-Y,-Z; Y,X,-Z; -Y,-X,-Z.

#1: タンパク質	ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit 分子量: 52702.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Halothiobacillus neapolitanus (紅色硫黄細菌) 参照: UniProt: O85040, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質	Ribulose bisphosphate carboxylase small chain / RuBisCO small subunit 分子量: 12866.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Halothiobacillus neapolitanus (紅色硫黄細菌) 参照: UniProt: P45686, ribulose-bisphosphate carboxylase
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.71 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: ammonium sulfate, citrate, cobalt chloride, glycerol, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.1271 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月13日 / 詳細: Double Crystal Si(111)
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→90 Å / Num. all: 62138 / Num. obs: 62138 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.4 % / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 19.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 10.1 % / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / R_sym value: 0.355 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換
開始モデル: pdb entry 1rbl

1rbl

解像度: 1.8→87.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 1.538 / SU ML: 0.05 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16574	3095	5 %	RANDOM
R_work	0.14502	-	-	-
obs	0.14608	58984	99.95 %	-
all	-	58984	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.186 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.49 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→87.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4369	0	16	354	4739

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	4544
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4008
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.519	1.935	6169
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.91	3	9305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.893	5	559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	643
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	5150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.022	0.02	984
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	881
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.246	0.2	4649
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	2571
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.223	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.304	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.307	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.945	1.5	2764
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.759	2	4432
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.665	3	1780
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.207	4.5	1737
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.198	237
R_work	0.162	4304

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0958	-0.0846	0.0587	0.2307	-0.111	0.2864	-0.0113	-0.0012	0.0485	0.0068	-0.008	-0.0588	-0.0251	0.0371	0.0192	0.0268	-0.0179	0.0012	0.0381	-0.0079	0.0593	19.6543	30.1686	12.6002
2	0.4816	0.1617	0.2305	0.3182	0.1629	0.1755	0.0296	-0.1076	0.0532	0.0481	-0.037	0.0341	-0.0184	-0.0468	0.0073	0.055	0.001	0.0099	0.0606	-0.0217	0.0131	3.6119	29.6921	41.0339

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	16 - 460	16 - 460
2	X-RAY DIFFRACTION	2	M	B	3 - 110	3 - 110

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関連情報:EMDBヘッダ

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