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- PDB-1sv1: NMR structure of the ThKaiA180C-CIIABD complex (25-structure ensemble) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sv1
タイトルNMR structure of the ThKaiA180C-CIIABD complex (25-structure ensemble)
要素
  • Circadian clock protein KaiA
  • Circadian clock protein KaiC
キーワードCIRCADIAN CLOCK PROTEIN / X-class Four Helix Bundle / Protein-peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / regulation of circadian rhythm / circadian rhythm / kinase activity / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription ...protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / regulation of circadian rhythm / circadian rhythm / kinase activity / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
KaiA/RbsU domain / Circadian clock protein KaiA, N-terminal / Circadian clock protein KaiA, N-terminal domain / KaiA N-terminal domain profile. / Circadian clock protein KaiA / Circadian clock protein KaiA, C-terminal / KaiA C-terminal domain / KaiA C-terminal domain profile. / KaiA / KaiA/RbsU helical domain superfamily ...KaiA/RbsU domain / Circadian clock protein KaiA, N-terminal / Circadian clock protein KaiA, N-terminal domain / KaiA N-terminal domain profile. / Circadian clock protein KaiA / Circadian clock protein KaiA, C-terminal / KaiA C-terminal domain / KaiA C-terminal domain profile. / KaiA / KaiA/RbsU helical domain superfamily / Circadian clock KaiC, bacteria / : / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / Circadian clock protein kinase KaiC / : / KaiC domain / KaiC domain profile. / KaiC-like domain / KaiC / CheY-like superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Circadian clock oscillator protein KaiC / Circadian clock oscillator protein KaiA / Circadian clock oscillator protein KaiC
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法溶液NMR / Distance geometry, Simulated annealing
データ登録者Vakonakis, I. / LiWang, A.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2004
タイトル: Structure of the C-terminal domain of the clock protein KaiA in complex with a KaiC-derived peptide: implications for KaiC regulation.
著者: Vakonakis, I. / LiWang, A.C.
履歴
登録2004年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Circadian clock protein KaiA
B: Circadian clock protein KaiA
C: Circadian clock protein KaiC
D: Circadian clock protein KaiC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4494
ポリマ－32,4494
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 50lowest energy structures that satisfy all experimental restraints
代表モデルモデル #11lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Circadian clock protein KaiA / ThKaiA180C


分子量: 12601.585 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal residues 180-283 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 遺伝子: KaiA / プラスミド: pET32a+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q79V62
#2: タンパク質・ペプチド Circadian clock protein KaiC / CIIABD


分子量: 3623.117 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal residues 488-518 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 遺伝子: KaiC / プラスミド: pET32a+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8RR33, UniProt: Q79V60*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1224D 13C-separated NOESY
13213C-edited/12C-filtered 3D NOESY
1433D 13C-separated NOESY
15413C-edited/12C-filtered 3D NOESY
NMR実験の詳細Text: Assignments of ThKaiA180C and CIIABD were performed through CBCA(CO)NH, CBCANH, HBHA(CO)NH and HC(C)H-COSY experiments.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.1 mM ThKaiA180C U-15N, 1.1 mM CIIABD, 20 mM NaCl, 20 mM Na2HPO4 pH 7.07 at 296K95% H2O/5% D2O
21.1 mM ThKaiA180C U-15N,13C, 1.1 mM CIIABD, 20 mM NaCl, 20 mM Na2HPO4 pH 7.07 at 296K100% D2O
31.2 mM ThKaiA180C, 1.2 mM CIIABD U-15N,13C, 20 mM NaCl, 20 mM Na2HPO4 pH 7.07 at 296K100% D2O
40.8 mM ThKaiA180C U-15N,13C, 0.8 mM ThKaiA180C, 1.6 mM CIIABD U-15N,13C, 20 mM NaCl, 20 mM Na2HPO4 pH 7.07 at 296K100% D2O
試料状態イオン強度: 20 mM NaCl, 20 mM NaPi / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 323 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン分類
VNMR6.1 Rev. Ccollection
NMRPipe2.1 Rev. 2002.044.17.08解析
PIPP4.2.6データ解析
XPLOR-NIH2.9.1構造決定
XPLOR-NIH2.9.1精密化
精密化手法: Distance geometry, Simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure is based on 2420 total restraints: 1858 are NOE derived, 58 are from hydrogen bonds, 244 are dihedral angles and 260 are 13C chemical shifts.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: lowest energy structures that satisfy all experimental restraints
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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