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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ssc | ||||||
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タイトル | THE 1.6 ANGSTROMS STRUCTURE OF A SEMISYNTHETIC RIBONUCLEASE CRYSTALLIZED FROM AQUEOUS ETHANOL. COMPARISON WITH CRYSTALS FROM SALT SOLUTIONS AND WITH RNASE A FROM AQUEOUS ALCOHOL SOLUTIONS | ||||||
要素 | (RIBONUCLEASE A) x 2 | ||||||
キーワード | ENDONUCLEASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | De Mel, V.S.J. / Doscher, M.S. / Martin, P.D. / Rodier, F. / Edwards, B.F.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995 タイトル: 1.6 A structure of semisynthetic ribonuclease crystallized from aqueous ethanol. Comparison with crystals from salt solutions and with ribonuclease A from aqueous alcohol solutions. 著者: de Mel, S.J. / Doscher, M.S. / Martin, P.D. / Rodier, F. / Edwards, B.F. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992 タイトル: Structural Changes that Accompany the Reduced Catalytic Efficiency of Two Semisynthetic Ribonuclease Analogs 著者: De Mel, V.S.J. / Martin, P.D. / Doscher, M.S. / Edwards, B.F.P. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1987 タイトル: The Refined Crystal Structure of Fully Active Semisynthetic Ribonuclease At 1.8-A Resolution. 著者: Martin, P.D. / Doscher, M.S. / Edwards, B.F.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ssc.cif.gz | 32.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ssc.ent.gz | 25.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ssc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ssc_validation.pdf.gz | 384 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ssc_full_validation.pdf.gz | 389.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ssc_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ssc_validation.cif.gz | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/1ssc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/1ssc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 93 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12380.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1231.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823 |
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % |
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結晶化 | *PLUS pH: 5.3 / 手法: seeding |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 43 %(v/v) / 一般名: aqueous ethanol |
-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / Num. obs: 12742 / % possible obs: 72 % / Rmerge(I) obs: 0.033 |
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反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 1.67 Å / % possible obs: 54 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor obs: 0.166 / 最高解像度: 2 Å 詳細: THE CLOSE CONTACT BETWEEN THE ASP 83 OD2 AND ARG 85 NH2 IS DUE TO WEAK DENSITY AND DISORDER ASSOCIATED WITH THE ARG 85 RESIDUE. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: o_angle_deg / Dev ideal: 1.7 |