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- PDB-1srv: THERMUS THERMOPHILUS GROEL (HSP60 CLASS) FRAGMENT (APICAL DOMAIN)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1srv
タイトルTHERMUS THERMOPHILUS GROEL (HSP60 CLASS) FRAGMENT (APICAL DOMAIN) COMPRISING RESIDUES 192-336
要素PROTEIN (GROEL (HSP60 CLASS))
キーワードCHAPERONE / HSP60 / GROEL / CELL DIVISION / ATP-BINDING / PHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


chaperonin ATPase / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / protein refolding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GroEL / GroEL / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Walsh, M.A. / Dementieva, I. / Evans, G. / Sanishvili, R. / Joachimiak, A.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Taking MAD to the extreme: ultrafast protein structure determination.
著者: Walsh, M.A. / Dementieva, I. / Evans, G. / Sanishvili, R. / Joachimiak, A.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: A structural model for GroEL-polypeptide recognition.
著者: Buckle, A.M. / Zahn, R. / Fersht, A.R.
履歴
登録1999年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (GROEL (HSP60 CLASS))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7541
ポリマ－15,7541
非ポリマー00
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.470, 65.960, 75.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (GROEL (HSP60 CLASS)) / 60 KD CHAPERONIN / PROTEIN CPN60


分子量: 15754.218 Da / 分子数: 1 / 断片: APICAL DOMAIN, RESIDUES 191 - 376 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
細胞内の位置: CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61491
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
解説: MAD DATA WERE COLLECTED AT THE STRUCTURAL BIOLOGY CENTER'S UNDULATOR BEAMLINE 19ID AT THE APS
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
温度: 293 K
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
121 mg/mlprotein1drop
24.5 %PEG60001drop
350 mMHEPES1drop
42.5 %MPD1drop
59 %PEG60001reservoir
6100 mMHEPES1reservoir
75 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 15546 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 46

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
CCP4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 791 5 %RANDOM
Rwork0.199 ---
all0.193 17661 --
obs0.193 17661 89.32 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1143 0 0 80 1223
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0180.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0380.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.040.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.9033
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.9055
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it7.0156
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it9.9058
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0290.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.190.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2360.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.3310.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.3050.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.87
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.515
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor21.720
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: CCP4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 15676 / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.193
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 41.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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