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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1srv | ||||||
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タイトル | THERMUS THERMOPHILUS GROEL (HSP60 CLASS) FRAGMENT (APICAL DOMAIN) COMPRISING RESIDUES 192-336 | ||||||
![]() | PROTEIN (GROEL (HSP60 CLASS)) | ||||||
![]() | CHAPERONE / HSP60 / GROEL / CELL DIVISION / ATP-BINDING / PHOSPHORYLATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Walsh, M.A. / Dementieva, I. / Evans, G. / Sanishvili, R. / Joachimiak, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Taking MAD to the extreme: ultrafast protein structure determination. 著者: Walsh, M.A. / Dementieva, I. / Evans, G. / Sanishvili, R. / Joachimiak, A. #1: ![]() タイトル: A structural model for GroEL-polypeptide recognition. 著者: Buckle, A.M. / Zahn, R. / Fersht, A.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 41.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 417.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 424.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15754.218 Da / 分子数: 1 / 断片: APICAL DOMAIN, RESIDUES 191 - 376 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 細胞内の位置: CYTOPLASM / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % 解説: MAD DATA WERE COLLECTED AT THE STRUCTURAL BIOLOGY CENTER'S UNDULATOR BEAMLINE 19ID AT THE APS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 15546 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 17.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 46 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 41.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 15676 / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.193 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 41.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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