PDB-3cmi: Crystal structure of glutathione-dependent phospholipid peroxidas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cmi

タイトル

Crystal structure of glutathione-dependent phospholipid peroxidase Hyr1 from the yeast Saccharomyces cerevisiae

要素

Peroxiredoxin HYR1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Thioredoxin-like fold / Peroxidase / Redox-active center

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-dependent peroxiredoxin activity / phospholipid-hydroperoxide glutathione peroxidase activity / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / glutathione peroxidase activity / peroxisomal matrix / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Zhang, W.J.Z. / He, Y.X. / Yu, J. / Zhou, C.Z.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of glutathione-dependent phospholipid peroxidase Hyr1 from the yeast Saccharomyces cerevisiae
著者: Zhang, W.J. / He, Y.X. / Yang, Z. / Yu, J. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.

履歴

登録	2008年3月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cmi.cif.gz	42.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cmi.ent.gz	28.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cmi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3cmi_validation.pdf.gz	427.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3cmi_full_validation.pdf.gz	429 KB	表示
XML形式データ	3cmi_validation.xml.gz	7.6 KB	表示
CIF形式データ	3cmi_validation.cif.gz	9.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/3cmi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/3cmi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2p5qS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3hmb-2 3gix-3 3odi-1 3odi-6 3odl-1 1srv-d 2mu1-d 6q2v-5 4in0-2 3odi-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Peroxiredoxin HYR1

19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.570, 64.880, 72.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peroxiredoxin HYR1 / Hydrogen peroxide resistance protein 1 / Oxidant receptor peroxidase 1 / Glutathione peroxidase 3 / ...Hydrogen peroxide resistance protein 1 / Oxidant receptor peroxidase 1 / Glutathione peroxidase 3 / Phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase 3 / PHGPx3 分子量: 19683.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: s228c / 遺伝子: HYR1, GPX3, ORP1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: P40581, peroxiredoxin
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Peroxiredoxin HYR1 / Hydrogen peroxide resistance protein 1 / Oxidant receptor peroxidase 1 / Glutathione peroxidase 3 / ...

分子量: 19683.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: s228c / 遺伝子: HYR1, GPX3, ORP1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: P40581, peroxiredoxin

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.62 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M Sodium Acetate trihydrate, pH4.6, 30% polyethylene glycol 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→39.56 Å / Num. obs: 12069 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 30.674 Å² / R_merge(I) obs: 0.057 / R_sym value: 0.064
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.336 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 1518 / R_sym value: 0.376 / % possible all: 81.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MAR345dtb		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2P5Q

2p5q

解像度: 2.02→34.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 9.982 / SU ML: 0.145 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25602	418	4.8 %	RANDOM
R_work	0.22438	-	-	-
obs	0.22597	8294	68.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.304 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.81 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→34.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1150	0	0	39	1189

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1177
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.168	1.994	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.271	5	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.632	24.898	49
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.379	15	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.101	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	166
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	866
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.179	0.2	510
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	788
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.196	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.24	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.294	1.5	733
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.47	2	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.836	3	509
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.234	4.5	432
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.019→2.071 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.17	9	-
R_work	0.229	147	-
obs	-	-	17.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5809	-0.1076	-0.1237	7.4025	0.0642	2.058	-0.1428	0.2841	-0.1051	-0.5701	0.0269	-1.0232	-0.1477	0.1057	0.1159	-0.1415	-0.0309	0.1049	-0.1026	-0.013	0.252	14.728	18.014	13.878
2	5.419	-0.2129	0.4902	21.0369	5.9723	10.1074	-0.422	-1.9973	-0.3772	3.0901	-0.0472	-0.3901	-0.1765	-0.5273	0.4692	0.4751	0.1277	-0.149	0.3393	0.1058	0.264	8.953	12.097	32.637
3	3.358	0.2123	0.4058	8.4612	0.0904	1.7252	0.0426	-0.1682	-0.0256	0.2891	0.0287	-0.8715	-0.1475	0.0044	-0.0712	-0.1695	0.0005	0.0148	-0.0655	0.0327	0.1673	10.292	17.045	20.524
4	3.5998	-0.7243	-0.7833	9.14	-0.0134	0.1737	-0.0703	0.1038	-0.2059	-0.2281	-0.0104	0.4402	0.0422	-0.1773	0.0806	-0.1	-0.016	-0.0184	-0.0352	0.0137	0.192	0.461	13.251	16.745

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 33	10 - 41
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	34 - 45	42 - 53
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	46 - 113	54 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	114 - 162	122 - 170

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)