[日本語] English
万見
- PDB-1sqx: Crystal Structure Analysis of Bovine Bc1 with Stigmatellin A -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sqx
タイトルCrystal Structure Analysis of Bovine Bc1 with Stigmatellin A
要素
  • (Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ...) x 5
  • (Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor (EC 1.10.2.2) (Rieske ...) x 2
  • (Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein ...) x 2
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome bc1 / Qo inhibitor / membrane protein / electron transport
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / Respiratory electron transport / thalamus development / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity ...Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / Respiratory electron transport / thalamus development / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Mitochondrial protein degradation / hypothalamus development / midbrain development / ubiquinone binding / respiratory electron transport chain / hippocampus development / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #220 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #220 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ribbon / Helix Hairpins / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / STIGMATELLIN A / UBIQUINONE-2 / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 ...FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / STIGMATELLIN A / UBIQUINONE-2 / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Esser, L. / Quinn, B. / Li, Y.F. / Zhang, M. / Elberry, M. / Yu, L. / Yu, C.A. / Xia, D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystallographic studies of quinol oxidation site inhibitors: a modified classification of inhibitors for the cytochrome bc(1) complex.
著者: Esser, L. / Quinn, B. / Li, Y.F. / Zhang, M. / Elberry, M. / Yu, L. / Yu, C.A. / Xia, D.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of the cytochrome bc1 complex from bovine heart mitochondria.
著者: Xia, D. / Yu, C.A. / Kim, H. / Xia, J.Z. / Kachurin, A.M. / Zhang, L. / Yu, L. / Deisenhofer, J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: The crystal structure of mitochondrial cytochrome bc1 in complex with famoxadone: the role of aromatic-aromatic interaction in inhibition.
著者: Gao, X. / Wen, X. / Yu, C. / Esser, L. / Tsao, S. / Quinn, B. / Zhang, L. / Yu, L. / Xia, D.
履歴
登録2004年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02021年3月3日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein I, mitochondrial precursor
B: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial precursor
C: Cytochrome b
E: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
D: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor (EC 1.10.2.2) (Rieske iron-sulfur protein) (RISP) [Contains: Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa protein (Complex III subunit IX)]
G: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein
I: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C
F: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein
K: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor (EC 1.10.2.2) (Rieske iron-sulfur protein) (RISP) [Contains: Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa protein (Complex III subunit IX)]
H: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein
J: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 6.4 kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,15817
ポリマ－241,29311
非ポリマー2,8646
水5,188288
1
A: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein I, mitochondrial precursor
B: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial precursor
C: Cytochrome b
E: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
D: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor (EC 1.10.2.2) (Rieske iron-sulfur protein) (RISP) [Contains: Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa protein (Complex III subunit IX)]
G: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein
I: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C
F: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein
K: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor (EC 1.10.2.2) (Rieske iron-sulfur protein) (RISP) [Contains: Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa protein (Complex III subunit IX)]
H: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein
J: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 6.4 kDa protein
ヘテロ分子

A: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein I, mitochondrial precursor
B: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial precursor
C: Cytochrome b
E: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
D: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor (EC 1.10.2.2) (Rieske iron-sulfur protein) (RISP) [Contains: Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa protein (Complex III subunit IX)]
G: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein
I: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C
F: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein
K: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor (EC 1.10.2.2) (Rieske iron-sulfur protein) (RISP) [Contains: Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa protein (Complex III subunit IX)]
H: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein
J: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 6.4 kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)488,31634
ポリマ－482,58722
非ポリマー5,72912
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-x+1,-y+1,z1
Buried area104510 Å2
ΔGint-699 kcal/mol
Surface area161660 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)154.385, 154.385, 590.271
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

-
要素

-
Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein I, mitochondrial precursor


分子量: 49266.254 Da / 分子数: 1 / 断片: core protein 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P31800, quinol-cytochrome-c reductase
#2: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial precursor / Complex III subunit II


分子量: 46575.469 Da / 分子数: 1 / 断片: core protein 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P23004, quinol-cytochrome-c reductase

-
タンパク質 , 2種, 2分子 CE

#3: タンパク質 Cytochrome b


分子量: 42620.340 Da / 分子数: 1 / 断片: cytochrome b / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00157
#4: タンパク質 Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome c-1


分子量: 21640.580 Da / 分子数: 1 / 断片: cytochrome c1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13272

-
Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor (EC 1.10.2.2) (Rieske ... , 2種, 2分子 DK

#5: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor (EC 1.10.2.2) (Rieske iron-sulfur protein) (RISP) [Contains: Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa protein (Complex III subunit IX)]


分子量: 27323.277 Da / 分子数: 1 / 断片: iron sulfur protein / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00125
#9: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor (EC 1.10.2.2) (Rieske iron-sulfur protein) (RISP) [Contains: Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa protein (Complex III subunit IX)]


分子量: 6527.604 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07552

-
Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ... , 5種, 5分子 GIFHJ

#6: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein / Complex III subunit VI


分子量: 9606.027 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13271, quinol-cytochrome-c reductase
#7: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 9.5 kDa protein / Complex III subunit VII


分子量: 7964.259 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase
#8: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein / Mitochondrial hinge protein / Cytochrome C1 / nonheme 11 kDa protein / Complex III subunit VIII


分子量: 13371.190 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00129, quinol-cytochrome-c reductase
#10: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein / Cytochrome C1 / nonheme 7 kDa protein / Complex III subunit X


分子量: 9189.116 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00126, quinol-cytochrome-c reductase
#11: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 6.4 kDa protein / Complex III subunit XI


分子量: 7209.311 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit 11 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00130, quinol-cytochrome-c reductase

-
非ポリマー , 5種, 294分子

#12: 化合物 ChemComp-UQ2 / UBIQUINONE-2 / 2,3-ジメトキシ-5-メチル-6-(3,7-ジメチル-2,6-オクタジエニル)-1,4-ベンゾキノン


分子量: 318.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H26O4
#13: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#14: 化合物 ChemComp-SMA / STIGMATELLIN A


分子量: 514.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H42O7
#15: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#16: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2
詳細: 20mM ammonium acetate, 20% glycerol, 12% PEG4000, 0.5M KCl, 0.1% diheptanoyl-phosphatidylcholine , pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SAGITTALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→100 Å / Num. obs: 115861 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1qcr

1qcr


解像度: 2.6→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 12.79 / SU ML: 0.268 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.471 / ESU R Free: 0.313 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28079 3133 3 %RANDOM
Rwork0.23317 ---
all0.23464 100126 --
obs0.23464 100126 94.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.491 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.11 Å20 Å20 Å2
2--2.11 Å20 Å2
3----4.22 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.313 Å / Luzzati sigma a free: 0.268 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16497 0 193 288 16978
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02117504
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6331.98623724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.76102090
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.22583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0213053
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1450.28143
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1060.2707
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1290.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.130.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.340.410474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6063.80116851
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.38437027
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7954.56865
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.337 228
Rwork0.299 7267
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8176-0.1060.35861.1317-0.80781.7820.09350.00050.032-0.10020.01990.59710.071-0.6054-0.11340.3388-0.11810.00360.4712-0.00740.619732.013187.496192.7359
20.2107-0.01820.06160.9649-0.01051.01090.0689-0.09710.14140.1697-0.04740.2381-0.1813-0.3086-0.02150.336-0.130.11290.2206-0.00540.401149.009393.631114.8081
30.8142-0.2372-0.1051.55590.1681.79620.07630.0240.1736-0.1182-0.02060.1135-0.2611-0.1075-0.05570.2789-0.092-0.00050.0305-0.00680.26669.009104.606491.9011
41.0224-0.4912-0.1322.43760.17581.42520.03260.0513-0.0651-0.1925-0.00430.37390.1008-0.2021-0.02830.3216-0.0631-0.06710.09950.00890.283957.27686.668973.2481
50.74620.06380.11530.33290.74530.83370.0603-0.22020.05340.288-0.03110.0274-0.0775-0.0939-0.02920.6439-0.29570.07470.30280.03350.355364.832368.6987154.1021
6-4.498623.270718.389627.684510.495315.7638-1.4372-1.92370.0125-0.44250.0618-0.8513-1.33610.67241.37540.496-0.00120.0030.492-0.00380.493573.088855.7187165.1745
70.5852-1.4796-0.60174.18831.22251.6656-0.1033-0.2334-0.25960.81340.0274-0.30740.41580.10940.07590.9055-0.3506-0.11910.52850.12840.377681.611557.3697171.857
80.6286-0.1270.33950.60940.03992.19580.1171-0.2396-0.2390.343-0.0681-0.11390.2455-0.044-0.0490.6587-0.32940.02880.29280.11590.451964.810544.9793152.7291
90.7901-0.304-0.92640.07450.23178.11890.086-0.30890.01260.32350.01140.11960.2052-0.722-0.09740.7208-0.32950.20230.47760.04570.429345.395671.4412158.8534
101.7730.02120.24251.65760.03950.8972-0.0135-0.5748-0.12790.62560.03310.0920.0834-0.0397-0.01971.1642-0.30690.20530.98190.08540.466154.644167.2755192.4896
111.26350.31280.65950.69410.18683.12430.046-0.29520.05550.2842-0.14120.2448-0.0275-0.58820.09520.4514-0.18530.19950.37810.00090.519243.26982.2108141.493
124.5746-0.7979-0.7412.08550.13793.9286-0.1082-1.10640.38980.8560.07530.2809-0.1866-0.43710.03291.2581-0.28350.09220.9474-0.30450.615273.9209112.995187.7898
132.6719-1.0104-1.03261.28060.26081.12380.0335-0.2211-0.29780.1868-0.07490.20850.3452-0.16320.04140.4819-0.28420.02490.23090.03490.336859.028847.1423122.0728
140.20030.0793-0.18051.5109-1.53093.04790.0736-0.3038-0.12130.33140.03640.21640.1085-0.398-0.110.5378-0.3340.11730.43180.03480.466248.085354.6222144.4587
155.6343-4.3591-2.89578.375-0.37477.63060.2459-0.4856-0.7325-0.51080.07070.53420.2061-0.1733-0.31660.7751-0.33290.06330.83690.16340.82539.514140.7779193.6938
167.6601-7.3057-3.012825.2457-4.30573.65170.19230.53680.04910.3602-0.27270.03360.1951-0.47440.08040.732-0.33070.07080.79570.04510.622539.93949.8749187.1355
170000000000000000.4943000.494300.4943000
18-2.13942.95745.316611.9366.566416.07860.10620.20750.0732-0.7619-0.16480.5430.4405-1.74140.05860.5051-0.01020.01470.4989-0.02230.629260.685394.915788.5208
1916.77095.255810.14913.82210.788724.83920.5474-1.1389-0.1103-0.0092-0.85580.51280.6988-1.03520.30840.51060.03160.06910.5778-0.00130.718455.003280.844393.7779
20168.527846.0736-37.420131.419410.168353.049-0.45215.5654-2.3496-0.62940.5103-1.1693-0.1023-3.4298-0.05820.49590-0.00050.4958-0.00070.497147.45598.4254104.2871
211.40540.47840.42612.5743-0.19771.93350.0043-0.3276-0.07810.53670.10730.1865-0.5755-1.1065-0.11160.6714-0.14450.27930.7446-0.08650.615638.794288.8666160.5742
221.37130.5927-2.98853.9944-4.439913.42640.162-0.29230.17820.43460.0430.1894-0.772-0.7166-0.20490.6164-0.13290.05670.5205-0.16410.584552.3207104.4943147.7367
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 2311 - 231
2X-RAY DIFFRACTION2AA232 - 446232 - 446
3X-RAY DIFFRACTION3BB17 - 23517 - 235
4X-RAY DIFFRACTION4BB236 - 439236 - 439
5X-RAY DIFFRACTION5CC3 - 1333 - 133
6X-RAY DIFFRACTION5CC173 - 264173 - 264
7X-RAY DIFFRACTION5CN - O381 - 382
9X-RAY DIFFRACTION7CC134 - 172134 - 172
10X-RAY DIFFRACTION8CC265 - 379265 - 379
11X-RAY DIFFRACTION9DE173 - 241173 - 241
12X-RAY DIFFRACTION10DE1 - 1721 - 172
13X-RAY DIFFRACTION10DP242
14X-RAY DIFFRACTION11ED1 - 711 - 71
15X-RAY DIFFRACTION12ED72 - 19672 - 196
16X-RAY DIFFRACTION13FH6 - 1106 - 110
17X-RAY DIFFRACTION14GF1 - 751 - 75
18X-RAY DIFFRACTION15HJ12 - 5212 - 52
19X-RAY DIFFRACTION16HJ53 - 7853 - 78
20X-RAY DIFFRACTION17HJ49 - 7849 - 78
21X-RAY DIFFRACTION18IG2 - 262 - 26
22X-RAY DIFFRACTION19IG27 - 5127 - 51
23X-RAY DIFFRACTION20IG52 - 5752 - 57
24X-RAY DIFFRACTION21JK2 - 612 - 61
25X-RAY DIFFRACTION22KI1 - 531 - 53

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る