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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sqh | ||||||
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タイトル | X-RAY STRUCTURE OF DROSOPHILA MALONOGASTER PROTEIN Q9VR51 NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM TARGET FR87. | ||||||
要素 | hypothetical protein CG14615-PA | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Forouhar, F. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Cooper, B. / Ho, C.K. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: X-RAY STRUCTURE OF DROSOPHILA MALONOGASTER PROTEIN Q9VR51 NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM TARGET FR87 著者: Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Forouhar, F. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Cooper, B. / Ho, C.K. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sqh.cif.gz | 71.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sqh.ent.gz | 57.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sqh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1sqh_validation.pdf.gz | 424.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1sqh_full_validation.pdf.gz | 433 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1sqh_validation.xml.gz | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1sqh_validation.cif.gz | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/1sqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/1sqh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36137.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VR51 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.564 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.18 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 7 詳細: 100 mM ammonium sulfate, 100 mM Tris, Spermidine , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 7.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97933 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 43215 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.25 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rsym value: 0.109 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 49.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→19.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 346738.81 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: 8542 REFLECTIONS ARE UNOBSERVED (NO ENTRY OR |F|=0)
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.42 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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