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- PDB-1sqb: Crystal Structure Analysis of Bovine Bc1 with Azoxystrobin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sqb
タイトルCrystal Structure Analysis of Bovine Bc1 with Azoxystrobin
要素
  • (Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ...) x 7
  • (Ubiquinol-cytochrome c reductase ...) x 2
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome bc1 / Qo inhibitor / membrane protein / electron transport
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Mitochondrial protein degradation / ubiquinone binding / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane ...Complex III assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Mitochondrial protein degradation / ubiquinone binding / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / heme binding / mitochondrion / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #220 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #220 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / 3-layer Sandwich / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ribbon / Helix Hairpins / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AZO / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 ...Chem-AZO / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Esser, L. / Quinn, B. / Li, Y.F. / Zhang, M. / Elberry, M. / Yu, L. / Yu, C.A. / Xia, D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystallographic studies of quinol oxidation site inhibitors: a modified classification of inhibitors for the cytochrome bc(1) complex
著者: Esser, L. / Quinn, B. / Li, Y.F. / Zhang, M. / Elberry, M. / Yu, L. / Yu, C.A. / Xia, D.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of the cytochrome bc1 complex from bovine heart mitochondria
著者: Xia, D. / Yu, C.A. / Kim, H. / Xia, J.Z. / Kachurin, A.M. / Zhang, L. / Yu, L. / Deisenhofer, J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: The crystal structure of mitochondrial cytochrome bc1 in complex with famoxadone: the role of aromatic-aromatic interaction in inhibition.
著者: Gao, X. / Wen, X. / Yu, C. / Esser, L. / Tsao, S. / Quinn, B. / Zhang, L. / Yu, L. / Xia, D.
履歴
登録2004年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I, mitochondrial
B: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2, mitochondrial
C: Cytochrome b
D: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
E: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
F: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein
G: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C
H: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein
I: Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa protein
J: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein
K: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 6.4 kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,82216
ポリマ－246,39311
非ポリマー2,4295
水4,216234
1
A: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I, mitochondrial
B: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2, mitochondrial
C: Cytochrome b
D: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
E: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
F: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein
G: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C
H: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein
I: Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa protein
J: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein
K: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 6.4 kDa protein
ヘテロ分子

A: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I, mitochondrial
B: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2, mitochondrial
C: Cytochrome b
D: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
E: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
F: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein
G: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C
H: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein
I: Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa protein
J: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein
K: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 6.4 kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)497,64432
ポリマ－492,78722
非ポリマー4,85710
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-x+1,-y+1,z1
Buried area102230 Å2
ΔGint-682 kcal/mol
Surface area164080 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)153.554, 153.554, 596.393
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

-
Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ... , 7種, 7分子 ABFGHJK

#1: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I, mitochondrial / Complex III subunit I


分子量: 52796.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P31800, quinol-cytochrome-c reductase
#2: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2, mitochondrial / Complex III subunit II


分子量: 48203.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P23004, quinol-cytochrome-c reductase
#6: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein / Complex III subunit VI


分子量: 13371.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00129, quinol-cytochrome-c reductase
#7: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C / Complex III subunit VII


分子量: 9606.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13271, quinol-cytochrome-c reductase
#8: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein / Complex III subunit VIII


分子量: 9189.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00126, quinol-cytochrome-c reductase
#10: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein / Complex III subunit X


分子量: 7209.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00130, quinol-cytochrome-c reductase
#11: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 6.4 kDa protein / Complex III subunit XI


分子量: 6469.522 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07552, quinol-cytochrome-c reductase

-
タンパク質 , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 Cytochrome b


分子量: 42620.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00157, quinol-cytochrome-c reductase
#4: タンパク質 Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome c-1


分子量: 27323.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00125, quinol-cytochrome-c reductase

-
Ubiquinol-cytochrome c reductase ... , 2種, 2分子 EI

#5: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Complex III subunit IX


分子量: 21640.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase
#9: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa protein / Complex III subunit IX


分子量: 7964.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase

-
非ポリマー , 4種, 239分子

#12: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#13: 化合物 ChemComp-AZO / METHYL (2Z)-2-(2-{[6-(2-CYANOPHENOXY)PYRIMIDIN-4-YL]OXY}PHENYL)-3-METHOXYACRYLATE / AZOXYSTROBIN / アゾキシストロビン


分子量: 403.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H17N3O5
#14: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.7 %
結晶化温度: 277 K / pH: 7.2
詳細: 20mM ammonium acetate, 20% glycerol, 12% PEG4000, 0.5M KCl, 0.1% diheptanoyl-phosphatidylcholine, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 7.20

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.91889
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月20日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91889 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→40 Å / Num. obs: 99537 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.69→2.72 Å / % possible all: 86.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1QCR

1qcr


解像度: 2.69→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 18.314 / SU ML: 0.347 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.583 / ESU R Free: 0.345 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 2866 3 %RANDOM
Rwork0.241 ---
obs0.242 91856 95.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.75 Å20 Å20 Å2
2--1.75 Å20 Å2
3----3.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16500 0 163 234 16897
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02117529
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6271.98723756
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.16952092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.22581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0213084
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1430.28189
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1040.2625
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1180.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1420.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5391.510483
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.014216864
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.57637040
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6324.56878
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.69→2.76 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.356 179
Rwork0.345 6379
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9050.07040.35151.005-0.71841.67360.10330.02660.0165-0.13260.01530.58930.0924-0.6479-0.11860.4452-0.10650.01770.496-0.02140.678231.608587.046693.8203
2-0.002-0.10440.24971.40450.06610.72780.093-0.12150.18910.1784-0.06730.226-0.1694-0.3524-0.02560.4259-0.15190.13510.2767-0.00630.434948.66793.2988115.7197
31.3547-0.3485-0.10181.49190.0012.12260.12470.05240.2446-0.0835-0.04410.0692-0.2945-0.1089-0.08060.3395-0.10520.00680.03270.00320.276468.6565104.209792.7738
41.0143-0.9101-0.20622.32750.01741.56620.05820.0258-0.0674-0.2049-0.05630.39950.0589-0.2101-0.00190.3656-0.0719-0.0840.1471-0.01060.366256.870686.195474.2242
50.67430.02340.37320.13770.76992.14220.0999-0.27560.09940.3684-0.11180.066-0.1119-0.27610.01190.7698-0.36830.08230.41810.02570.404262.349969.3126153.3841
60.7318-2.3630.1160.9458-0.54361.03090.1502-0.3451-0.27950.4047-0.0815-0.2370.33430.2041-0.06860.9997-0.4625-0.12110.70620.10590.607380.843356.4964173.2031
70.9732-0.2688-0.13440.95170.10391.6920.1402-0.3984-0.12010.3495-0.0826-0.10390.20330.1528-0.05760.7181-0.42880.02410.41250.11380.500663.887346.9273154.3152
80.7133-0.1773-1.17560.3484-0.89713.32790.0313-0.30310.07750.4368-0.07370.1970.0475-0.59590.04240.7931-0.40290.20450.56430.01450.470244.983871.4543159.8832
91.50220.32120.04731.62820.26680.8118-0.0366-0.5673-0.09960.63120.0961-0.03580.1143-0.1226-0.05951.3333-0.39960.20661.12720.05070.570354.132567.725193.6572
100.84380.13751.62380.67460.5595.70950.0415-0.23790.06090.2832-0.05530.2546-0.2852-0.42670.01370.571-0.30760.24020.4852-0.03180.568343.046881.9793142.432
116.80761.179-0.57398.2690.2077.8649-0.0183-0.00290.67750.59980.18580.040.1246-0.1866-0.16751.366-0.05080.05221.3135-0.14851.256270.7051111.2268190.0314
123.2002-1.137-1.0861.0927-0.02771.4857-0.0273-0.248-0.40240.22940.00070.21880.4057-0.1870.02650.5491-0.31970.00840.23580.02460.36358.632446.8265123.1983
130.3331-0.16290.06511.2625-1.81643.04540.0533-0.433-0.06470.34890.10010.12860.109-0.4714-0.15340.7423-0.36310.09740.48930.00360.539147.801554.5874145.5718
144.8971-5.7912-2.805411.04941.99186.64130.1951-0.4943-0.4575-0.25980.00640.23080.318-0.5099-0.20150.8563-0.4090.05490.95340.17270.89939.069640.727194.879
157.5042-11.3285-3.283723.6995-3.11336.02960.0843-0.03430.0965-0.0137-0.229-0.57980.4533-0.53790.14470.8461-0.33760.01450.91520.01940.726839.554950.1196188.3869
161.58891.0974.49967.86943.54936.39210.1880.561-0.4414-0.20120.02360.89730.539-0.3837-0.21150.6261-0.05820.09840.6026-0.13710.840158.432592.013588.0894
170.6408-0.0781-0.29011.7467-0.59672.07860.0888-0.41880.15440.49890.11180.3575-0.2287-0.6543-0.20060.8878-0.21670.27070.9017-0.09260.644838.397988.8394161.2071
180.89591.0384-1.48832.4006-3.218210.5260.0114-0.30330.06530.3049-0.01720.0981-0.3047-0.74290.00590.8074-0.11730.11690.61-0.20490.622251.781104.319148.7156
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 23135 - 265
2X-RAY DIFFRACTION2AA232 - 446266 - 480
3X-RAY DIFFRACTION3BB17 - 23531 - 249
4X-RAY DIFFRACTION4BB236 - 439250 - 453
5X-RAY DIFFRACTION5CC2 - 1332 - 133
6X-RAY DIFFRACTION5CC173 - 264173 - 264
7X-RAY DIFFRACTION6CC134 - 172134 - 172
8X-RAY DIFFRACTION7CC265 - 379265 - 379
9X-RAY DIFFRACTION8DD173 - 241173 - 241
10X-RAY DIFFRACTION9DD1 - 1721 - 172
11X-RAY DIFFRACTION10EE1 - 711 - 71
12X-RAY DIFFRACTION11EE72 - 19672 - 196
13X-RAY DIFFRACTION12FF6 - 1106 - 110
14X-RAY DIFFRACTION13GG1 - 751 - 75
15X-RAY DIFFRACTION14HH12 - 5212 - 52
16X-RAY DIFFRACTION15HH53 - 7853 - 78
17X-RAY DIFFRACTION16II1 - 321 - 32
18X-RAY DIFFRACTION17JJ1 - 611 - 61
19X-RAY DIFFRACTION18KK2 - 532 - 53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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