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- PDB-1sq0: Crystal Structure of the Complex of the Wild-type Von Willebrand ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sq0
タイトルCrystal Structure of the Complex of the Wild-type Von Willebrand Factor A1 domain and Glycoprotein Ib alpha at 2.6 Angstrom Resolution
要素
  • Platelet glycoprotein Ib alpha chain (Glycoprotein Ibalpha) (GP-Ib alpha) (GPIbA) (GPIb-alpha) (CD42B-alpha) (CD42B) [Contains: Glycocalicin]
  • Von Willebrand factor (vWF) [Contains: Von Willebrand antigen II]
キーワードBLOOD CLOTTING / Leucine Rich Repeat (LRR) / right-handed beta-alpha superhelix) / Integrin A (or I) domain fold
機能・相同性
機能・相同性情報


thrombin-activated receptor activity / glycoprotein Ib-IX-V complex / Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Weibel-Palade body / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / positive regulation of leukocyte tethering or rolling ...thrombin-activated receptor activity / glycoprotein Ib-IX-V complex / Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Weibel-Palade body / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / hemostasis / blood coagulation, intrinsic pathway / Defective F9 activation / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of platelet activation / positive regulation of intracellular signal transduction / megakaryocyte development / GP1b-IX-V activation signalling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / cell-substrate adhesion / regulation of blood coagulation / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / immunoglobulin binding / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin cell surface interactions / release of sequestered calcium ion into cytosol / fibrinolysis / collagen binding / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Integrin signaling / extracellular matrix / platelet alpha granule lumen / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / MAP2K and MAPK activation / cell morphogenesis / platelet activation / response to wounding / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / blood coagulation / integrin binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / external side of plasma membrane / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain ...von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / C-terminal cystine knot signature. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / C-terminal cystine knot domain profile. / Leucine rich repeat N-terminal domain / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / von Willebrand factor type C domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / von Willebrand factor, type A domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / von Willebrand factor type A domain / Alpha-Beta Horseshoe / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / von Willebrand factor, type A / Leucine-rich repeat profile. / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
von Willebrand factor / Platelet glycoprotein Ib alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Dumas, J.J. / Kumar, R. / McDonagh, T. / Sullivan, F. / Stahl, M.L. / Somers, W.S. / Mosyak, L.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the wild-type von Willebrand factor A1-glycoprotein Ibalpha complex reveals conformation differences with a complex bearing von Willebrand disease mutations
著者: Dumas, J.J. / Kumar, R. / McDonagh, T. / Sullivan, F. / Stahl, M.L. / Somers, W.S. / Mosyak, L.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of the GpIb(alpha)-Thrombin Complex Essential for Platelet Aggregation
著者: Dumas, J.J. / Kumar, R. / Seehra, J. / Somers, W.S. / Mosyak, L.
履歴
登録2004年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 999SEQUENCE ASN RESIDUES AT POSITIONS 21 AND 159 OF CHAIN B, WHICH ARE SITES FOR N-LINKED ...SEQUENCE ASN RESIDUES AT POSITIONS 21 AND 159 OF CHAIN B, WHICH ARE SITES FOR N-LINKED GLYCOSYLATION, WERE MUTATED TO ASP.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Von Willebrand factor (vWF) [Contains: Von Willebrand antigen II]
B: Platelet glycoprotein Ib alpha chain (Glycoprotein Ibalpha) (GP-Ib alpha) (GPIbA) (GPIb-alpha) (CD42B-alpha) (CD42B) [Contains: Glycocalicin]


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5512
ポリマ－56,5512
非ポリマー00
水5,729318
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.497, 116.104, 67.962
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Von Willebrand factor (vWF) [Contains: Von Willebrand antigen II]


分子量: 24466.361 Da / 分子数: 1 / 断片: A1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VWF, F8VWF / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P04275
#2: タンパク質 Platelet glycoprotein Ib alpha chain (Glycoprotein Ibalpha) (GP-Ib alpha) (GPIbA) (GPIb-alpha) (CD42B-alpha) (CD42B) [Contains: Glycocalicin]


分子量: 32084.498 Da / 分子数: 1 / 断片: Glycoprotein Ib-(alpha) / Mutation: N21D, N159D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GP1BA / Cell (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P07359
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG-3350; potassium thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.210.97942, 0.97959, 0.9686
シンクロトロンALS 5.0.221
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2002年8月31日
ADSC QUANTUM 42CCD2002年5月18日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double-crystal, Si(111)MADMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979421
20.979591
30.96861
411
反射解像度: 2.6→49.58 Å / Num. obs: 17150 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2
反射 シェル解像度: 2.6→2.75 Å / % possible all: 84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→49.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 132767.56 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: DISORDERED RESIDUES IN CHAIN A INCLUDE N-TERMINAL RESIDUES 496-5 AND C-TERMINAL RESIDUES 704-709. IN CHAIN A, SIDE CHAIN FOR LYS IS DISORDERED. DISORDERED RESIDUES IN CHAIN B INCLUDE C-TERMINAL RESIDUES 266-288.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1685 9.8 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.19 17150 93.9 %-
all-17150 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.4256 Å2 / ksol: 0.305156 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.42 Å20 Å20 Å2
2---10.55 Å20 Å2
3---12.98 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3664 0 0 318 3982
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.561.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.622
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.342
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.582.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 248 9.9 %
Rwork0.281 2261 -
obs--84 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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