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万見
- PDB-1spx: Crystal Structure of Glucose Dehydrogenase of Caenorhabditis Eleg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1spx
タイトルCrystal Structure of Glucose Dehydrogenase of Caenorhabditis Elegans in the Apo-Form
要素short-chain reductase family member (5L265)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Parallel beta-sheet of seven strands in the order 3214567 / three alpha-helices on either side of beta-sheet / seventh alpha-helix on top of beta-sheet / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DeHydrogenases, Short chain
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Schormann, N. / Zhou, J. / McCombs, D. / Bray, T. / Symersky, J. / Huang, W.-Y. / Luan, C.-H. / Gray, R. / Luo, D. / Arabashi, A. ...Schormann, N. / Zhou, J. / McCombs, D. / Bray, T. / Symersky, J. / Huang, W.-Y. / Luan, C.-H. / Gray, R. / Luo, D. / Arabashi, A. / Bunzel, B. / Nagy, L. / Lu, S. / Li, S. / Lin, G. / Zhang, Y. / Qiu, S. / Tsao, J. / Luo, M. / Carson, M. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Glucose Dehydrogenase of Caenorhabditis Elegans in the Apo-Form: A Member of the SDR-Family
著者: Schormann, N. / Zhou, J. / McCombs, D. / Bray, T. / Symersky, J. / Huang, W.-Y. / Luan, C.-H. / Gray, R. / Luo, D. / Arabashi, A. / Bunzel, B. / Nagy, L. / Lu, S. / Li, S. / Lin, G. / Zhang, ...著者: Schormann, N. / Zhou, J. / McCombs, D. / Bray, T. / Symersky, J. / Huang, W.-Y. / Luan, C.-H. / Gray, R. / Luo, D. / Arabashi, A. / Bunzel, B. / Nagy, L. / Lu, S. / Li, S. / Lin, G. / Zhang, Y. / Qiu, S. / Tsao, J. / Luo, M. / Carson, M.
履歴
登録2004年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: short-chain reductase family member (5L265)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3981
ポリマ－29,3981
非ポリマー00
水2,612145
1
A: short-chain reductase family member (5L265)

A: short-chain reductase family member (5L265)

A: short-chain reductase family member (5L265)

A: short-chain reductase family member (5L265)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,5944
ポリマ－117,5944
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area10820 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area34340 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)64.682, 89.287, 108.153
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細The biological unit is a tetramer (point group symmetry 222) generated by the following 4 operators: x,y,z; -x+1,-y+1,z; x,-y+1,-z+1; -x+1,y,-z+1

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要素

#1: タンパク質 short-chain reductase family member (5L265) / Glucose Dehydrogenase


分子量: 29398.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: D1054.8 / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q18946, glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+]
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2M Ammonium Sulfate, 5% Isopropanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年3月12日 / 詳細: Osmic Mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 17897 / Num. obs: 17897 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.239 / Num. unique all: 1460 / Rsym value: 0.239 / % possible all: 79.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Starting model was a homology model from Swiss-Model based on PDB entries 1RWB and 1G6K

1rwb

1g6k


解像度: 2.1→19.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 316099.25 / Data cutoff high rms absF: 316099.25 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The following residues are disordered and not visible in the electron density: 1; 96-108; 199-212; 266-278
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 834 4.9 %RANDOM
Rwork0.202 ---
all0.203 17779 --
obs0.202 17064 91.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 62.5179 Å2 / ksol: 0.383461 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.76 Å20 Å20 Å2
2--7.51 Å20 Å2
3----5.74 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1759 0 0 145 1904
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.65
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.281.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.272
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.142.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 105 4.7 %
Rwork0.199 2149 -
obs-2149 73.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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