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Yorodumi- PDB-4kwi: The crystal structure of angucycline C-6 ketoreductase LanV with ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kwi | ||||||
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Title | The crystal structure of angucycline C-6 ketoreductase LanV with bound NADP and 11-deoxy-6-oxylandomycinone | ||||||
Components | Reductase homolog | ||||||
Keywords | Oxidoreductase/antibiotic / Rossmann fold / ketoreductase / NADPH binding / Oxidoreductase-antibiotic complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptomyces cyanogenus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Paananen, P. / Patrikainen, P. / Mantsala, P. / Niemi, J. / Niiranen, L. / Metsa-Ketela, M. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2013 Title: Structural and functional analysis of angucycline C-6 ketoreductase LanV involved in landomycin biosynthesis. Authors: Paananen, P. / Patrikainen, P. / Kallio, P. / Mantsala, P. / Niemi, J. / Niiranen, L. / Metsa-Ketela, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4kwi.cif.gz | 201.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4kwi.ent.gz | 160.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4kwi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4kwi_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4kwi_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 4kwi_validation.xml.gz | 23.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4kwi_validation.cif.gz | 32.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/4kwi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/4kwi | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4kwhSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27501.072 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces cyanogenus (bacteria) / Gene: lanV / Plasmid: pBAD / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): TOP10 / References: UniProt: Q9ZGC1 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PEG / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1M Bis-Tris-Propane, 0.2M sodium acetate, 18% PEG3350 , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.8726 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 27, 2011 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: horizontally side diffracting Silicon 111 crystal Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8726 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 31692 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 31.971 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 12.07 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4KWH Resolution: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.2004 / WRfactor Rwork: 0.1583 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.857 / SU B: 9.088 / SU ML: 0.132 / SU R Cruickshank DPI: 0.2037 / SU Rfree: 0.1695 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.169 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 87.12 Å2 / Biso mean: 27.0109 Å2 / Biso min: 12.75 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.998→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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