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- PDB-1sou: NMR structure of Aquifex aeolicus 5,10-methenyltetrahydrofolate s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sou
タイトルNMR structure of Aquifex aeolicus 5,10-methenyltetrahydrofolate synthetase: Northeast Structural Genomics Consortium Target QR46
要素5,10-methenyltetrahydrofolate synthetase
キーワードLIGASE / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase / 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase activity / folic acid-containing compound biosynthetic process / tetrahydrofolate interconversion / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NagB/RpiA/CoA transferase-like / 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase / 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase family / 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase-like domain superfamily / NagB/RpiA transferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法溶液NMR / MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Cort, J.R. / Chiang, Y. / Acton, T. / Wu, M. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR structure of Aquifex aeolicus 5,10-methenyltetrahydrofolate synthetase: Northeast Structural Genomics Consortium Target QR46
著者: Cort, J.R. / Chiang, Y. / Acton, T. / Wu, M. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2004年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5,10-methenyltetrahydrofolate synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3611
ポリマ－22,3611
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 29structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1combination of factors

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要素

#1: タンパク質 5,10-methenyltetrahydrofolate synthetase


分子量: 22361.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: aq_1731 / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMGK
参照: UniProt: O67621, 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1334D 13C-separated NOESY
141HNHA

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM 5,10-methenyltetrahydrofolate synthetase U-15N,13C; 20 mM MES, 100 mM NaCl, 5 mM CaCl2, 10 mM DTT, 0.02% NaN3 pH 6.5 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
20.5 mM 5,10-methenyltetrahydrofolate synthetase U-15N,5%-13C; 20 mM MES, 100 mM NaCl, 5 mM CaCl2, 10 mM DTT, 0.02% NaN3 pH 6.5 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
31 mM 5,10-methenyltetrahydrofolate synthetase U-15N,13C; 20 mM MES, 100 mM NaCl, 5 mM CaCl2, 10 mM DTT, 0.02% NaN3 pH 6.5 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 0.115 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY6001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA7503
Varian INOVAVarianINOVA8004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NIH-XPLOR2.0.4AT Brunger, GM Clore, J Kuszewski, CD Schwieters, N Tjandra精密化
CNS1.1AT Brunger精密化
VNMR6.1CVarian Inc.collection
Felix97MSI/Biosymデータ解析
TALOSG Cornilescu, F Delaglio, A Baxデータ解析
精密化手法: MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: FINAL REFINEMENT IN EXPLICIT SOLVENT WITH LEONARD-JONES AND ELECTROSTATIC POTENTIALS. BACKBONE AND SIDECHAIN ASSIGNMENTS WERE DETERMINED MANUALLY FROM TRIPLE-RESONANCE NMR DATA. NOE DISTANCE ...詳細: FINAL REFINEMENT IN EXPLICIT SOLVENT WITH LEONARD-JONES AND ELECTROSTATIC POTENTIALS. BACKBONE AND SIDECHAIN ASSIGNMENTS WERE DETERMINED MANUALLY FROM TRIPLE-RESONANCE NMR DATA. NOE DISTANCE RESTRAINTS WERE DERIVED MANUALLY FROM NOESY DATA. THE STRUCTURE IS BASED ON 1235 RESTRAINTS: 938 NOE DISTANCE RESTRAINTS, 112 H-BOND RESTRAINTS (56 H-BONDS), AND 185 DIHEDRAL RESTRAINTS. PHI DIHEDRAL RESTRAINTS WERE DERIVED FROM THE HNHA EXPERIMENT AND TALOS. PSI DIHEDRAL RESTRAINTS WERE DERIVED FROM NOE RATIOS, SECONDARY STRUCTURE PROPENSITIES EVIDENT IN PRELIMINARY STRUCTURES, ALPHA CARBON CHEMICAL SHIFTS, AND TALOS. RESIDUES 1-2 AND 182-194 ARE UNSTRUCTURED TERMINI IN THIS ENSEMBLE.
代表構造選択基準: combination of factors
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 29 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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