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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1smm | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Cp Rd L41A mutant in oxidized state | ||||||
![]() | Rubredoxin | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Park, I.Y. / Youn, B. / Harley, J.L. / Eidsness, M.K. / Smith, E. / Ichiye, T. / Kang, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The unique hydrogen bonded water in the reduced form of Clostridium pasteurianum rubredoxin and its possible role in electron transfer 著者: Park, I.Y. / Youn, B. / Harley, J.L. / Eidsness, M.K. / Smith, E. / Ichiye, T. / Kang, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 31.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 21.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6009.531 Da / 分子数: 1 / 変異: L41A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-FE / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.54 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: ammonium sulfate, sodium chloride, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.36→20 Å / Num. all: 10231 / Num. obs: 10231 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.36→1.45 Å / % possible all: 96.6 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.029 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.139 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1FHH 解像度: 1.36→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.001 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.36→20 Å
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精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.18 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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