PDB-1b13: CLOSTRIDIUM PASTEURIANUM RUBREDOXIN G10A MUTANT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1b13

タイトル

CLOSTRIDIUM PASTEURIANUM RUBREDOXIN G10A MUTANT

要素

PROTEIN (RUBREDOXIN)

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / METALLOPROTEIN / IRON SULFUR / ELECTRON TRANSFER

機能・相同性

機能・相同性情報

alkane catabolic process / electron transfer activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium pasteurianum (バクテリア)

手法

X線回折 / OTHER / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Maher, M.J. / Guss, J.M. / Wilce, M.C.J. / Wedd, A.G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Rubredoxin from Clostridium pasteurianum. Structures of G10A, G43A and G10VG43A mutant proteins. Mutation of conserved glycine 10 to valine causes the 9-10 peptide link to invert.
著者: Maher, M.J. / Xiao, Z. / Wilce, M.C. / Guss, J.M. / Wedd, A.G.

履歴

登録	1998年11月26日	登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月16日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月3日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月9日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1b13.cif.gz	22.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1b13.ent.gz	13.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1b13.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1b13_validation.pdf.gz	350.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1b13_full_validation.pdf.gz	350.6 KB	表示
XML形式データ	1b13_validation.xml.gz	2.3 KB	表示
CIF形式データ	1b13_validation.cif.gz	3.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/1b13 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/1b13	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1b2jC 1b2oC 5rxnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1b2j-d 5rxn-d 4rxn-d 2pvx-3 1be7-d 1t9p-2 2pvx-2 1smw-d 1brf-d 1b2o-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (8)

登録構造単位

A: PROTEIN (RUBREDOXIN)

ヘテロ分子

6.12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.270, 64.270, 32.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	PROTEIN (RUBREDOXIN) 分子量: 6065.637 Da / 分子数: 1 / 変異: G10A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア) 株: JM109 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: CLORUB / プラスミド: PKK223-3 / 遺伝子 (発現宿主): CLORUB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00268
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.1 %

結晶化

pH: 4.6
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 50-60% SATURATED AMMONIUM SULFATE IN SODIUM ACETATE BUFFER (50 MM) AT PH 4.6.

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	50-60% SATURATED AMMONIUM SULFATE	1	2
2	SODIUM ACETATE BUFFER (50 MM) AT PH 4.6.	1	2

結晶

*PLUS

結晶化

*PLUS

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 5 / PH range high: 4

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	7-20 mg/ml	protein	1	drop
2	2-35 %	ammonium sulfate	1	drop
3	50 mM	sodium acetate	1	drop
4	50-70 %	ammonium sulfate	1	reservoir
5	50 mM	sodium acetate	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RU200 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月1日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: NI FILTER 0.00015" / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 6061 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 15.74 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 1.5 % / R_merge(I) obs: 0.245 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 58.8
反射	PLUS Num. obs: 7662 / Num. measured all*: 29561
反射シェル	PLUS % possible obs*: 59 %

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
REFMAC	精密化
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: 5RXN

5rxn

解像度: 1.5→30 Å / σ(F): 0 / 詳細: ESD FROM CRUIKSHANK (A): 0.08

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.191	383	0.05 %	RANDOM
R_work	0.171	-	-	-
obs	-	7662	94.5 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	423	0	1	40	464

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.015	0.04
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	0.018	0.04
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_d	0.021	0.05
X-RAY DIFFRACTION	p_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it	1.476	3
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it	2.377	5
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it	3.147	6
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it	4.764	8
X-RAY DIFFRACTION	p_plane_restr
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTION	p_singtor_nbd	0.17	0.3
X-RAY DIFFRACTION	p_multtor_nbd	0.245	0.3
X-RAY DIFFRACTION	p_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_tor	4.7	7
X-RAY DIFFRACTION	p_staggered_tor	18	15
X-RAY DIFFRACTION	p_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_transverse_tor	14.7	20
X-RAY DIFFRACTION	p_special_tor	0	15

ソフトウェア

*PLUS

名称: REFMAC / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.5 Å / R_factor obs: 0.171

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 19 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.04
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	0.04
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_d	0.05
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it	3
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it	6
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it	5
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it	8

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.432 / R_factor obs: 0.389

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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