PDB-1skp: NMR STRUCTURE OF D(GCATATGATAG)(DOT)D(CTATCATATGC): A CONSENSUS S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1skp

タイトル

NMR STRUCTURE OF D(GCATATGATAG)(DOT)D(CTATCATATGC): A CONSENSUS SEQUENCE FOR PROMOTERS RECOGNIZED BY SIGMA-K RNA POLYMERASE, 4 STRUCTURES

要素

(SIGMA-K RNA POLYMERASE CONSENSUS SEQUENCE) x 2

キーワード

DNA / PROMOTER SEQUENCE

機能・相同性

DNA / DNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / MOLECULAR DYNAMIC (RMD), MONTE CARLO (RMC) CALCULATIONS

データ登録者

Tonelli, M. / Ragg, E. / Bianucci, A.M. / Lesiak, K. / James, T.L.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Nuclear magnetic resonance structure of d(GCATATGATAG). d(CTATCATATGC): a consensus sequence for promoters recognized by sigma K RNA polymerase.
著者: Tonelli, M. / Ragg, E. / Bianucci, A.M. / Lesiak, K. / James, T.L.

履歴

登録	1998年5月20日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1999年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1skp.cif.gz	62.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1skp.ent.gz	48.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1skp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1skp_validation.pdf.gz	312.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1skp_full_validation.pdf.gz	344 KB	表示
XML形式データ	1skp_validation.xml.gz	2.8 KB	表示
CIF形式データ	1skp_validation.cif.gz	3.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/1skp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/1skp	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	219d-d 1cfl-d 1dt4-d 1yu8-d 2pcy-d 1teg-1 5pcy-d 3sd4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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インテグラーゼ (Integrase)
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スライディングクランプ (Sliding Clamps)
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TALエフェクター (TAL Effectors)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
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登録構造単位

A: SIGMA-K RNA POLYMERASE CONSENSUS SEQUENCE

B: SIGMA-K RNA POLYMERASE CONSENSUS SEQUENCE

6.71 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	4 / 20	CONVERGENCE, R FACTORS, ENERGIES
代表モデル

#1: DNA鎖	SIGMA-K RNA POLYMERASE CONSENSUS SEQUENCE 分子量: 3397.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖	SIGMA-K RNA POLYMERASE CONSENSUS SEQUENCE 分子量: 3308.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	COSY

NMR実験の詳細

Text: STRUCTURE DETERMINED WITH HOMONUCLEAR NMR METHODS.

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試料調製

詳細	内容: H2O AND D2O
試料状態	イオン強度: 0.5 M / pH: 7 / 圧: 1 ATMOSPHERE / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX600 / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称:

AMBER / 分類: 精密化

NMR software

名称	開発者	分類
MARDIGRAS	PEARLMAN	精密化
MARDIGRAS		構造決定
Amber		構造決定
DNAminiCarlo		構造決定

精密化

手法: MOLECULAR DYNAMIC (RMD), MONTE CARLO (RMC) CALCULATIONS
ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE BIOCHEMISTRY CITATION ABOVE. MODEL 1 : REFINED BY RMD FROM A-DNA MODEL 2 : REFINED BY RMD FROM B-DNA MODEL 3 : REFINED BY RMC FROM A-DNA MODEL 4 : REFINED BY RMC FROM B-DNA

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: CONVERGENCE, R FACTORS, ENERGIES
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 4

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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