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- PDB-1shz: Crystal Structure of the p115RhoGEF rgRGS Domain in A Complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1shz
タイトルCrystal Structure of the p115RhoGEF rgRGS Domain in A Complex with Galpha(13):Galpha(i1) Chimera
要素
  • Guanine Nucleotide-Binding Protein Galpha(13):Galpha(i1) Chimera
  • Rho guanine nucleotide exchange factor 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / SIGNAL TRANSDUCTION / PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


D5 dopamine receptor binding / CDC42 GTPase cycle / regulation of fibroblast migration / Thromboxane signalling through TP receptor / NRAGE signals death through JNK / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / RAC1 GTPase cycle / Extra-nuclear estrogen signaling / Adenylate cyclase inhibitory pathway / G alpha (12/13) signalling events ...D5 dopamine receptor binding / CDC42 GTPase cycle / regulation of fibroblast migration / Thromboxane signalling through TP receptor / NRAGE signals death through JNK / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / RAC1 GTPase cycle / Extra-nuclear estrogen signaling / Adenylate cyclase inhibitory pathway / G alpha (12/13) signalling events / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / GTPase activating protein binding / negative regulation of synaptic transmission / G alpha (i) signalling events / regulation of small GTPase mediated signal transduction / branching involved in blood vessel morphogenesis / RHOB GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / RHOC GTPase cycle / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / Rho protein signal transduction / RHOA GTPase cycle / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / G protein-coupled receptor binding / brush border membrane / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / platelet activation / regulation of blood pressure / GDP binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / melanosome / cell cortex / regulation of cell shape / midbody / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / angiogenesis / in utero embryonic development / cell differentiation / intracellular signal transduction / cell cycle / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell division / GTPase activity / centrosome / GTP binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
p115RhoGEF, RGS domain / G-protein alpha subunit, group 12/13 / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like ...p115RhoGEF, RGS domain / G-protein alpha subunit, group 12/13 / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / G-protein alpha subunit, group I / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAFLUOROALUMINATE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-13 / Rho guanine nucleotide exchange factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Chen, Z. / Singer, W.D. / Sternweis, P.C. / Sprang, S.R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structure of the p115RhoGEF rgRGS domain-Galpha13/i1 chimera complex suggests convergent evolution of a GTPase activator.
著者: Chen, Z. / Singer, W.D. / Sternweis, P.C. / Sprang, S.R.
履歴
登録2004年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年8月2日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine Nucleotide-Binding Protein Galpha(13):Galpha(i1) Chimera
C: Rho guanine nucleotide exchange factor 1
D: Guanine Nucleotide-Binding Protein Galpha(13):Galpha(i1) Chimera
F: Rho guanine nucleotide exchange factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,11510
ポリマ－131,9744
非ポリマー1,1416
水1,51384
1
A: Guanine Nucleotide-Binding Protein Galpha(13):Galpha(i1) Chimera
C: Rho guanine nucleotide exchange factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5585
ポリマ－65,9872
非ポリマー5703
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area25860 Å2
手法PISA
2
D: Guanine Nucleotide-Binding Protein Galpha(13):Galpha(i1) Chimera
F: Rho guanine nucleotide exchange factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5585
ポリマ－65,9872
非ポリマー5703
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area25210 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11800 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area47340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.747, 105.274, 71.748
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.91, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The deposited PDB file contains a pair of homodimers of the complexes. However, the biological unit is identical to the monomeric form of the complex

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ADCF

#1: タンパク質 Guanine Nucleotide-Binding Protein Galpha(13):Galpha(i1) Chimera


分子量: 39640.191 Da / 分子数: 2
断片: residues 21-47, 185-210, 213-230, 240-353 of Galpha(i1) and residues 64-207, 234-235, 254-262 of Galpha(13)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ), (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
属: Mus, Rattus / 生物種: , / 株: , / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: P10824, UniProt: P27601
#2: タンパク質 Rho guanine nucleotide exchange factor 1 / p115-RhoGEF / p115RhoGEF / 115 kDa guanine nucleotide exchange factor / Sub1.5


分子量: 26346.879 Da / 分子数: 2
断片: N-terminal RhoGEF RGS (rgRGS) domain of p115RhoGEF (residues 7-239)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTrcC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92888

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非ポリマー , 4種, 90分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#5: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.52 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Ammonium Sulfate, Tris, Ethylene glycol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月7日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 33997 / Num. obs: 31348 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / Rsym value: 0.188 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 2286 / Rsym value: 0.585 / % possible all: 67.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AGR, CHAIN A

1agr


解像度: 2.85→46.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1865632.73 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 2203 7 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.229 31348 90.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 24.4754 Å2 / ksol: 0.30693 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 57.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.95 Å20 Å29.92 Å2
2---2.89 Å20 Å2
3----12.07 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.61 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→46.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8450 0 68 84 8602
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.66
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.721.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.742
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.412.5
LS精密化 シェル解像度: 2.85→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 251 6.5 %
Rwork0.333 3632 -
obs-3632 67.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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