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- PDB-1shx: Ephrin A5 ligand structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1shx
タイトルEphrin A5 ligand structure
要素Ephrin-A5
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / ephrin signaling / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotrophin TRKB receptor binding / EPH-Ephrin signaling / EPHA-mediated growth cone collapse / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / synaptic membrane adhesion / collateral sprouting / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / positive regulation of collateral sprouting / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus ...neurotrophin TRKB receptor binding / EPH-Ephrin signaling / EPHA-mediated growth cone collapse / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / synaptic membrane adhesion / collateral sprouting / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / positive regulation of collateral sprouting / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / chemorepellent activity / regulation of cell morphogenesis / positive regulation of synapse assembly / regulation of GTPase activity / regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / retinal ganglion cell axon guidance / regulation of cell-cell adhesion / basement membrane / ephrin receptor signaling pathway / ephrin receptor binding / cellular response to forskolin / regulation of microtubule cytoskeleton organization / axon guidance / cell periphery / GABA-ergic synapse / adherens junction / regulation of actin cytoskeleton organization / caveola / external side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ephrin-A ectodomain / Ephrin receptor-binding domain / Ephrin, conserved site / Ephrin / Ephrin / Ephrin receptor-binding (ephrin RBD) domain signature. / Ephrin receptor-binding (ephrin RBD) domain profile. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like ...Ephrin-A ectodomain / Ephrin receptor-binding domain / Ephrin, conserved site / Ephrin / Ephrin / Ephrin receptor-binding (ephrin RBD) domain signature. / Ephrin receptor-binding (ephrin RBD) domain profile. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
triacetyl-beta-chitotriose / Ephrin-A5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Himanen, J.P. / Barton, W.A. / Nikolov, D.B. / Jeffrey, P.D.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Three distinct molecular surfaces in ephrin-A5 are essential for a functional interaction with EphA3.
著者: Day, B. / To, C. / Himanen, J.P. / Smith, F.M. / Nikolov, D.B. / Boyd, A.W. / Lackmann, M.
#1: ジャーナル: Nat.Neurosci. / 年: 2004
タイトル: Repelling class discrimination: ephrin-A5 binds to and activates EphB2 receptor signaling.
著者: Himanen, J.P. / Chumley, M.J. / Lackmann, M. / Li, C. / Barton, W.A. / Jeffrey, P.D. / Vearing, C. / Geleick, D. / Feldheim, D.A. / Boyd, A.W. / Henkemeyer, M. / Nikolov, D.B.
履歴
登録2004年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ephrin-A5
B: Ephrin-A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6934
ポリマ－32,6412
非ポリマー1,0522
水1,892105
1
A: Ephrin-A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9482
ポリマ－16,3201
非ポリマー6281
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ephrin-A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7452
ポリマ－16,3201
非ポリマー4241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.21, 70.08, 58.46
Angle α, β, γ (deg.)90, 95.94, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ephrin-A5 / EPH-related receptor tyrosine kinase ligand 7 / LERK-7 / AL-1


分子量: 16320.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: EFNA5, EPLG7, LERK7, EPL7 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O08543
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / triacetyl-beta-chitotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 627.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: triacetyl-beta-chitotriose
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.58 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 3350, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 17042 / Num. obs: 16487 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.056 / Num. unique all: 17958 / % possible all: 54.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: EprinB2

解像度: 2.1→8 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.278 846 RANDOM
Rwork0.224 --
all-17042 -
obs-16487 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2302 0 70 105 2477
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.36
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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