PDB-1shm: Convergent solutions to VHH domain stabilization from natural and...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1shm

タイトル

Convergent solutions to VHH domain stabilization from natural and in vitro evolution

要素

ANTIBODY RIG

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Heavy Chain Variable Domain / VHH Domain / Immunoglobulin

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Bond, C.J. / Wiesmann, C. / Marsters, J.C. / Sidhu, S.S.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: A structure-based database of antibody variable domain diversity.
著者: Bond, C.J. / Wiesmann, C. / Marsters, J.C. / Sidhu, S.S.

履歴

登録	2004年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 999

SEQUENCE The original gene for the protein was cloned from llama (GB 4165492). One loop (residues ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1shm.cif.gz	104.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1shm.ent.gz	80.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1shm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1shm_validation.pdf.gz	454.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1shm_full_validation.pdf.gz	458.1 KB	表示
XML形式データ	1shm_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	1shm_validation.cif.gz	30.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/1shm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/1shm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1hcvS 1f2x 1mel S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2x1q-2 5vk0-11 3b9v-3 2x1q-1 3bdx-4 3qxv-3 3w69-2 5nml-4 1kdi-d 3lrh-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ANTIBODY RIG

B: ANTIBODY RIG

D: ANTIBODY RIG

E: ANTIBODY RIG

54.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ANTIBODY RIG

登録者が定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ANTIBODY RIG

登録者が定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: ANTIBODY RIG

登録者が定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

E: ANTIBODY RIG

登録者が定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.211, 120.711, 52.246
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.32, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The relevant biological assembly is one VH domain. The asymmetric unit is composed of 4 independent VH domains.

#1: 抗体	ANTIBODY RIG 分子量: 13680.156 Da / 分子数: 4 / 断片: RIG VHH / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 30% PEG 4K, 0.3M Ammonium Sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 193 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月15日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 32402 / Num. obs: 32305 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.091 / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1HCV

1hcv

解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 3.468 / SU ML: 0.102 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2361	1635	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18546	-	-	-
obs	0.18803	30610	99.62 %	-
all	-	32305	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.292 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	0 Å²	-0.49 Å²
2-	-	-0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3510	0	0	273	3783

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	3578
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3120
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.238	1.916	4836
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.905	3	7215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.38	5	457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	515
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4077
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	789
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	517
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.255	0.2	3674
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	2282
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	195
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.156	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.311	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.245	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.988	2.5	2271
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.465	5	3583
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.621	2.5	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.032	5	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.939 Å / Total num. of bins used: 25 /

	R_factor	反射数
R_free	0.377	87
R_work	0.272	1710

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2777	0.0115	0.0826	1.5097	0.2208	0.9623	-0.042	0.0427	-0.0024	-0.0578	-0.0257	-0.0105	-0.0486	-0.036	0.0676	0.0452	-0.0091	0.0119	0.0638	0.0064	0.0548	3.4055	0.5196	1.8157
2	0.914	-0.0121	0.1025	1.8335	0.298	1.7374	-0.0245	0.1085	-0.0552	0.0005	-0.0236	-0.0006	0.0958	-0.0605	0.0481	0.0734	-0.0109	0.0092	0.0991	0.0088	0.0852	14.0824	4.7041	25.9819
3	0.6683	0.1827	0.3521	1.8441	0.2389	0.9753	0.0982	0.0651	-0.0263	0.001	-0.0354	-0.0051	0.0697	-0.0282	-0.0627	0.0892	-0.0066	0.0038	0.1009	-0.0017	0.1127	-0.3392	-26.9358	2.0896
4	0.6698	0.4105	-0.1782	1.7101	0.1804	1.8369	0.0147	0.0316	0.0312	-0.0195	0.0314	-0.0172	-0.0637	-0.0995	-0.0461	0.0105	0.0037	-0.0004	0.0133	0	0.0204	11.648	-23.0472	28.3643

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 113	2 - 127
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 113	2 - 127
3	X-RAY DIFFRACTION	3	D	C	2 - 113	2 - 127
4	X-RAY DIFFRACTION	4	E	D	2 - 113	2 - 127

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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