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- PDB-1sh3: Crystal Structure of Norwalk Virus Polymerase (MgSO4 crystal form) -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1sh3 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Norwalk Virus Polymerase (MgSO4 crystal form) | ||||||
![]() | RNA Polymerase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ng, K.K. / Pendas-Franco, N. / Rojo, J. / Boga, J.A. / Machin, A. / Alonso, J.M. / Parra, F. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of norwalk virus polymerase reveals the carboxyl terminus in the active site cleft. Authors: Ng, K.K. / Pendas-Franco, N. / Rojo, J. / Boga, J.A. / Machin, A. / Alonso, J.M. / Parra, F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 200.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 161.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 1sh0C ![]() 1sh2C ![]() 1khvS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 56813.551 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: C-terminus Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.83 Å3/Da / Density % sol: 56.48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow![]() | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: PEG 8000, ammonium sulfate, magnesium sulfate, Tris-Cl, glycerol, CHAPS, 2-mercaptoethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: IMAGE PLATE / Date: Dec 1, 2003 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.95→20 Å / Num. all: 27684 / Num. obs: 27684 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 76.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 16.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.95→3.06 Å / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.618 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2688 / Rsym value: 0.618 / % possible all: 100 |
Reflection | *PLUS Num. measured all: 185654 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 100 % / Num. unique obs: 2688 / Num. measured obs: 18090 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB ENTRY 1KHV Resolution: 2.95→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU B: 19.261 / SU ML: 0.354 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.461 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: TLS refinement was performed for each of three domains in each protomer
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 17.668 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.95→20 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.95→3.025 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Lowest resolution: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Rfactor Rfree: 0.387 / Rfactor Rwork: 0.286 |