PDB-1sh3: Crystal Structure of Norwalk Virus Polymerase (MgSO4 crystal form)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1sh3

タイトル

Crystal Structure of Norwalk Virus Polymerase (MgSO4 crystal form)

要素

RNA Polymerase

RNAポリメラーゼ

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

RNA POLYMERASE (RNAポリメラーゼ) / VIRAL REPLICATION ENZYME

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity /

RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription /

タンパク質分解 /

RNA binding /

ATP binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Norwalk virus (ノロウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Ng, K.K. / Pendas-Franco, N. / Rojo, J. / Boga, J.A. / Machin, A. / Alonso, J.M. / Parra, F.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of norwalk virus polymerase reveals the carboxyl terminus in the active site cleft.
著者: Ng, K.K. / Pendas-Franco, N. / Rojo, J. / Boga, J.A. / Machin, A. / Alonso, J.M. / Parra, F.

履歴

登録	2004年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1sh3.cif.gz	200.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1sh3.ent.gz	161.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1sh3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/1sh3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/1sh3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1sh0C 1sh2C 1khvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1sh0-2 2b43-4 2b43-1 1sh2-d 1sh0-1 4nrt-d 2b43-2 1khv-1 2uut-d 4lq9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA Polymerase

B: RNA Polymerase

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RNA Polymerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RNA Polymerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.050, 109.140, 112.044
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	ASP	ASP	6	A	A	6 - 507	6 - 507
2	1	GLY	GLY	ASP	ASP	6	B	B	6 - 507	6 - 507
3	2	MG	MG	MG	MG	1	A	C	600
4	2	MG	MG	MG	MG	1	B	D	600

#1: タンパク質	RNA Polymerase / RNAポリメラーゼ分子量: 56813.551 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminus / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norwalk virus (ノロウイルス) / 属: Norovirusノロウイルス / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-1 Blue / 参照: UniProt: Q70ET3, RNA依存性RNAポリメラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.48 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8000, ammonium sulfate, magnesium sulfate, Tris-Cl, glycerol, CHAPS, 2-mercaptoethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	7 mg/ml	polymerase	1	drop
2	24 %(w/v)	PEG8000	1	reservoir
3	100-200 mM	ammonium sulfate	1	reservoir
4	50 mM	Tris-Cl	1	reservoir	pH7.5
5	15 %(w/v)	glycerol	1	reservoir
6	0.2 %(w/v)	CHAPS	1	reservoir
7	14 mM	2-mercaptoethanol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月1日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→20 Å / Num. all: 27684 / Num. obs: 27684 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 76.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.115 / R_sym value: 0.115 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 2.95→3.06 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.618 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2688 / R_sym value: 0.618 / % possible all: 100
反射	PLUS Num. measured all*: 185654
反射シェル	PLUS % possible obs: 100 % / Num. unique obs: 2688 / Num. measured obs*: 18090

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
BEAST		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KHV

1khv

解像度: 2.95→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.862 / SU B: 19.261 / SU ML: 0.354 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.461 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: TLS refinement was performed for each of three domains in each protomer

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2799	1419	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21522	-	-	-
obs	0.21857	26218	100 %	-
all	-	27637	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.668 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.22 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.85 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7887	0	2	3	7892

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	8092
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.146	1.963	10977
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.774	5	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1189
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	6130
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	3675
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.256	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.091	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.891	2	5027
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.633	2.5	8138
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.162	3.5	3065
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.396	4.5	2839

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	tight positional	0.07	0.05
3939	loose positional	0.61	5
1	tight thermal	0.17	0.5
3939	loose thermal	2.25	10

LS精密化シェル

解像度: 2.95→3.025 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.381	99	-
R_work	0.292	1865	-
obs	-	1865	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.768	0.2765	0.3268	1.0046	-0.1962	1.4452	0.0616	-0.0658	0.0815	0.1187	-0.0186	0.0975	0.0144	0.0806	-0.0431	0.1361	0.0233	-0.0097	0.0998	-0.0004	0.0007	25.6481	-1.4287	51.9046
2	3.4719	-0.4291	-0.153	2.1957	-1.4231	3.5571	-0.0577	0.3848	0.0566	-0.3128	-0.1624	-0.1635	0.0713	0.3181	0.2201	0.0681	-0.0343	-0.008	0.1948	0.0424	0.0495	43.5849	2.3406	35.8839
3	1.2736	0.7058	-1.2709	3.5695	-3.0892	2.5578	0.1491	-0.232	0.226	-0.0019	0.0372	0.2477	-0.0773	-0.0678	-0.1863	0.1834	0.0118	-0.0295	0.284	0.0043	0.0737	16.8358	5.5324	23.9396
4	2.9654	0.4908	0.1316	2.7256	0.2086	2.1741	0.2344	-0.2712	-0.3019	0.1507	-0.3546	-0.694	0.34	0.1299	0.1202	0.1932	0.0203	-0.0417	0.1487	0.1543	0.3492	63.6503	5.3184	7.0719
5	4.1501	0.8035	0.6055	4.6733	-1.2175	4.4785	0.2986	0.0999	-0.2505	-0.364	-0.0697	-1.4162	0.3244	0.5638	-0.2289	0.115	0.0475	-0.0623	0.3199	0.2571	1.1859	86.9113	10.9787	2.9395
6	2.9543	5.8178	0.5237	10.4954	-2.8309	0.5125	-0.5165	0.3029	-0.6024	-1.3306	0.1069	-0.6861	0.0763	0.1256	0.4096	0.7732	0.0263	0.3142	0.3928	-0.1715	0.3233	70.7037	14.7922	-21.4108

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 209	6 - 209
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	244 - 304	244 - 304
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	210 - 243	210 - 243
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	305 - 389	305 - 389
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	390 - 507	390 - 507
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	6 - 209	6 - 209
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	244 - 304	244 - 304
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	210 - 243	210 - 243
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	305 - 389	305 - 389
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	390 - 507	390 - 507

精密化

*PLUS

最低解像度: 20 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.282 / R_factor R_work: 0.215

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.14

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.387 / R_factor R_work: 0.286

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)