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万見
- PDB-1sgf: CRYSTAL STRUCTURE OF 7S NGF: A COMPLEX OF NERVE GROWTH FACTOR WIT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sgf
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF 7S NGF: A COMPLEX OF NERVE GROWTH FACTOR WITH FOUR BINDING PROTEINS (SERINE PROTEINASES)
要素(NERVE GROWTH ...) x 3
キーワードGROWTH FACTOR / GROWTH FACTOR (BETA-NGF) / HYDROLASE - SERINE PROTEINASE (GAMMA-NGF) / INACTIVE SERINE PROTEINASE (ALPHA-NGF)
機能・相同性
機能・相同性情報


TRKA activation by NGF / NFG and proNGF binds to p75NTR / NADE modulates death signalling / NGF processing / tissue kallikrein / Axonal growth stimulation / Frs2-mediated activation / Activation of Matrix Metalloproteinases / negative regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / positive regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway ...TRKA activation by NGF / NFG and proNGF binds to p75NTR / NADE modulates death signalling / NGF processing / tissue kallikrein / Axonal growth stimulation / Frs2-mediated activation / Activation of Matrix Metalloproteinases / negative regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / positive regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / PI3K/AKT activation / ARMS-mediated activation / nerve growth factor receptor binding / NRIF signals cell death from the nucleus / p75NTR recruits signalling complexes / Retrograde neurotrophin signalling / NF-kB is activated and signals survival / metalloendopeptidase inhibitor activity / positive regulation of neuron maturation / nerve growth factor signaling pathway / regulation of neurotransmitter secretion / nerve development / positive regulation of collateral sprouting / regulation of systemic arterial blood pressure / peripheral nervous system development / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / axon extension / positive regulation of Ras protein signal transduction / zymogen activation / regulation of neuron differentiation / small GTPase-mediated signal transduction / positive regulation of DNA binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of stem cell proliferation / positive regulation of axon extension / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of protein autophosphorylation / sensory perception of pain / positive regulation of neuron differentiation / serine-type peptidase activity / acrosomal vesicle / neuron projection morphogenesis / adult locomotory behavior / secretory granule / positive regulation of protein ubiquitination / endosome lumen / growth factor activity / modulation of chemical synaptic transmission / memory / positive regulation of neuron projection development / circadian rhythm / neuron projection development / synaptic vesicle / apical part of cell / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of cell growth / neuron apoptotic process / endopeptidase activity / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / endoplasmic reticulum lumen / axon / serine-type endopeptidase activity / lipid binding / dendrite / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B ...Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Kallikrein 1-related peptidase b3 / Kallikrein 1-related peptidase-like b4 / Beta-nerve growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Bax, B.D.V. / Blundell, T.L. / Murray-Rust, J. / Mcdonald, N.Q.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Structure of mouse 7S NGF: a complex of nerve growth factor with four binding proteins.
著者: Bax, B. / Blundell, T.L. / Murray-Rust, J. / McDonald, N.Q.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Crystallization and Characterization of the High Molecular Weight Form of Nerve Growth Factor (7 S Ngf)
著者: Mcdonald, N.Q. / Blundell, T.L.
履歴
登録1997年8月8日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / diffrn_source / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / software / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _software.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月9日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NERVE GROWTH FACTOR
B: NERVE GROWTH FACTOR
G: NERVE GROWTH FACTOR
X: NERVE GROWTH FACTOR
Y: NERVE GROWTH FACTOR
Z: NERVE GROWTH FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,40712
ポリマ－132,9856
非ポリマー1,4226
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15560 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area45250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.680, 96.590, 147.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9651, 0.25022, 0.07734), (0.2502, 0.79363, 0.55458), (0.07739, 0.55457, -0.82853)
ベクター: 21.57266, 0.10399, -10.07073)

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要素

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NERVE GROWTH ... , 3種, 6分子 AXBYGZ

#1: タンパク質 NERVE GROWTH FACTOR / 7S NGF


分子量: 26783.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: MALE SUBMANDIBULAR GLAND / 株: SWISS WEBSTER / 参照: UniProt: P00757, tissue kallikrein
#2: タンパク質 NERVE GROWTH FACTOR / 7S NGF


分子量: 13277.009 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: MALE SUBMANDIBULAR GLAND / 株: SWISS WEBSTER / 参照: UniProt: P01139, tissue kallikrein
#3: タンパク質 NERVE GROWTH FACTOR / 7S NGF


分子量: 26432.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: MALE SUBMANDIBULAR GLAND / 株: SWISS WEBSTER / 参照: UniProt: P00756, tissue kallikrein

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糖 , 2種, 4分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 2分子

#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

構成要素の詳細AN INTERNAL CLEAVAGE SITE EXISTS IN THE 'KALLIKREIN LOOP' OF THE GAMMA-NGF SUBUNITS WHICH RESULTS ...AN INTERNAL CLEAVAGE SITE EXISTS IN THE 'KALLIKREIN LOOP' OF THE GAMMA-NGF SUBUNITS WHICH RESULTS IN THE REMOVAL OF FOUR RESIDUES (G 95F - G 95I, Z 95F - Z 95I). 7S NGF (HIGH MOLECULAR WEIGHT FORM OF NERVE GROWTH FACTOR). 7S NGF CAN BE DISSOCIATED INTO THE BETA-NGF DIMER, THE ACTIVE NEUROTROPHIN, AND MONOMERIC ALPHA-NGF AND GAMMA-NGF. ALPHA-NGF AND GAMMA-NGF ARE CLOSELY RELATED MEMBERS OF THE GLANDULAR KALLIKREIN FAMILY OF SERINE PROTEINASES. GAMMA-NGF IS AN ACTIVE SERINE PROTEINASE, ALPHA-NGF IS INACTIVE. THE STOICHIOMETRY OF THE COMPLEX IS ALPHA2BETA2GAMMA2.
配列の詳細THE RESIDUE NOMENCLATURE FOR THE ALPHA AND GAMMA SUBUNITS IS BASED ON THEIR ALIGNMENT WITH ...THE RESIDUE NOMENCLATURE FOR THE ALPHA AND GAMMA SUBUNITS IS BASED ON THEIR ALIGNMENT WITH CHYMOTRYPSINOGEN. THE ALPHA NGF SUBUNITS ARE DISORDERED IN THREE REGIONS: AT THE N-TERMINUS (A 9 - A 24, X 9 - X 25), IN THE '70S LOOP' (A 71 - A 77, X 71 - X 79A), AND IN THE 'AUTOLYSIS LOOP' (A 140 - A 156, X 141 - X 156). AMINO ACID SEQUENCING HAS SHOWN THERE IS A CLEAVAGE SITE IN THE 'AUTOLYSIS LOOP'.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: DATA ARE VERY ANISOTROPIC
結晶化pH: 4.9
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 50MM SODIUM PHOSPHATE (PH6.8) MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF WELL SOLUTION (50MM SODIUM ACETATE PH4.5-5.1, 12-21% PEG 4000, 10 ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 50MM SODIUM PHOSPHATE (PH6.8) MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF WELL SOLUTION (50MM SODIUM ACETATE PH4.5-5.1, 12-21% PEG 4000, 10 MICROMOLAR ZNSO4) (MCDONALD AND BLUNDELL, 1991, JMB, 219, 595-601)., pH 4.9
PH範囲: 5.0-5.1
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium phosphate1drop
350 mMsodium acetate1reservoir
40.01 M1reservoirZnSO4
512-16 %(w/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / タイプ: EMBL/DESY, HAMBURG / 波長: 0.96
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1990年5月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→20 Å / Num. obs: 24209 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.427 / % possible all: 92.5
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
ROTAVATA/AGROVATAデータ削減
TFFCモデル構築
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
TFFC位相決定
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: BETA-NGF AND PORCINE PANCREATIC KALLIKREIN (1BET AND 2PKA)

1bet

2pka


解像度: 3.15→8 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1
Isotropic thermal model: ONE MAIN CHAIN AND ONE SI CHAIN TEMPERATURE FACTOR WERE REFINED PER RESIDUE
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 612 2.5 %THIN SHELLS
Rwork0.246 ---
obs0.246 21857 97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--43.24 Å20 Å20 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3----0.06 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 4.5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8463 0 86 0 8549
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.75
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.51
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.28 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3601 51 2 %
Rwork0.3623 2551 -
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX_BEN96P.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PAR_NAGZN.PARTOP_NAGZNMAN_SER195.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.51
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.3623

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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