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- PDB-3okg: Crystal structure of HsdS subunit from Thermoanaerobacter tengcon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3okg
タイトルCrystal structure of HsdS subunit from Thermoanaerobacter tengcongensis
要素Restriction endonuclease S subunits
キーワードDNA BINDING PROTEIN / coiled-coil / Type I methyltransferase / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA restriction-modification system / endonuclease activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA methylase specificity domains / Adenine-n6-DNA-methyltransferase TaqI; Chain A, domain 2 / : / Type I restriction modification DNA specificity domain / Type I restriction modification DNA specificity domain superfamily / Type I restriction modification DNA specificity domain / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Restriction endonuclease S subunits
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Liang, D. / Gao, P. / Tang, Q. / An, X. / Yan, X.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structure of HsdS subunit from Thermoanaerobacter tengcongensis sheds lights on mechanism of dynamic opening and closing of type I methyltransferase
著者: Gao, P. / Tang, Q. / An, X. / Yan, X. / Liang, D.
履歴
登録2010年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32024年3月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Restriction endonuclease S subunits
B: Restriction endonuclease S subunits
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,48417
ポリマ－93,0432
非ポリマー1,44115
水14,160786
1
A: Restriction endonuclease S subunits
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1948
ポリマ－46,5211
非ポリマー6727
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Restriction endonuclease S subunits
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2909
ポリマ－46,5211
非ポリマー7698
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5830 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area35710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.993, 137.798, 142.398
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Restriction endonuclease S subunits


分子量: 46521.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
株: MB4 / プラスミド: pHAT-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8R9Q6
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 786 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.1M Bis-Tris, 1.16M (NH4)2SO4, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月10日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→10 Å / Num. all: 87310 / Num. obs: 87188 / % possible obs: 99.86 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.6 % / Biso Wilson estimate: 27.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 8.24 / Num. unique all: 5832 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUI(unified graphical user interface)データ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→10 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.27 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2398 4371 5.01 %RANDOM
Rwork0.1972 82817 --
obs0.1993 87188 99.86 %-
all-87310 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.256 Å2 / ksol: 0.404 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.6716 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.7443 Å2-0 Å2-0 Å2
2---5.8069 Å2-0 Å2
3----0.9374 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6200 0 75 786 7061
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016407
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2578721
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3792403
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094957
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061133
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.9720.28781540.2262724X-RAY DIFFRACTION100
1.972-1.9950.26671490.19882700X-RAY DIFFRACTION100
1.995-2.01920.24831620.19562695X-RAY DIFFRACTION100
2.0192-2.04450.24461070.20132793X-RAY DIFFRACTION100
2.0445-2.07120.25751400.20192718X-RAY DIFFRACTION100
2.0712-2.09930.27411580.20412744X-RAY DIFFRACTION100
2.0993-2.1290.23841470.19532713X-RAY DIFFRACTION100
2.129-2.16050.27331570.2052740X-RAY DIFFRACTION100
2.1605-2.19390.27641450.20812742X-RAY DIFFRACTION100
2.1939-2.22940.26131650.19972714X-RAY DIFFRACTION100
2.2294-2.26750.24891270.19162753X-RAY DIFFRACTION100
2.2675-2.30820.23981310.19122761X-RAY DIFFRACTION100
2.3082-2.3520.26951600.20732745X-RAY DIFFRACTION100
2.352-2.39940.25951310.19762734X-RAY DIFFRACTION100
2.3994-2.45080.22791520.20442759X-RAY DIFFRACTION100
2.4508-2.50690.2521560.19652728X-RAY DIFFRACTION100
2.5069-2.56860.25911360.20382761X-RAY DIFFRACTION100
2.5686-2.63680.25021270.2052771X-RAY DIFFRACTION100
2.6368-2.71290.2711280.21642765X-RAY DIFFRACTION100
2.7129-2.79860.26661570.222780X-RAY DIFFRACTION100
2.7986-2.89630.23341410.22722765X-RAY DIFFRACTION100
2.8963-3.00920.27261590.22382742X-RAY DIFFRACTION100
3.0092-3.14210.26361520.21992778X-RAY DIFFRACTION100
3.1421-3.30210.26471480.22761X-RAY DIFFRACTION100
3.3021-3.50060.2151560.1882775X-RAY DIFFRACTION100
3.5006-3.75750.20091560.17182798X-RAY DIFFRACTION100
3.7575-4.11150.18361490.162765X-RAY DIFFRACTION99
4.1115-4.65310.18931610.14852798X-RAY DIFFRACTION99
4.6531-5.67760.19981190.17852886X-RAY DIFFRACTION100
5.6776-9.99340.25291410.22012909X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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