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万見
- PDB-3qnb: Crystal Structure of an Engineered OXA-10 Variant with Carbapenem... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qnb
タイトルCrystal Structure of an Engineered OXA-10 Variant with Carbapenemase Activity, OXA-10loop24
要素Oxacillinase
キーワードHYDROLASE / antibiotic resistance / hydrolysis of amide bond of beta-lactam compounds
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者De Luca, F. / Benvenuti, M. / Carboni, F. / Pozzi, C. / Rossolini, G.M. / Mangani, S. / Docquier, J.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Evolution to carbapenem-hydrolyzing activity in noncarbapenemase class D {beta}-lactamase OXA-10 by rational protein design.
著者: De Luca, F. / Benvenuti, M. / Carboni, F. / Pozzi, C. / Rossolini, G.M. / Mangani, S. / Docquier, J.D.
履歴
登録2011年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年5月30日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxacillinase
B: Oxacillinase
C: Oxacillinase
D: Oxacillinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,60934
ポリマ－109,5094
非ポリマー2,10030
水8,899494
1
A: Oxacillinase
D: Oxacillinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,88318
ポリマ－54,7542
非ポリマー1,12916
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Oxacillinase
C: Oxacillinase
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 55.7 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,72516
ポリマ－54,7542
非ポリマー97114
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.330, 81.330, 151.921
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
Oxacillinase / OXA-10loop24 / OXA-10 laboratory variant


分子量: 27377.203 Da / 分子数: 4 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: DH5(alpha) / 遺伝子: blaOXA-10(loop24) / プラスミド: pLB-II-OXA10loop24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5(alpha) / 参照: UniProt: Q7BNC2, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細OXA-10LOOP24 IS A LABORATORY VARIANT OF OXACILLINASE WITH ENGINEERED INSERTION WGMGVTPQVG REPLACING ...OXA-10LOOP24 IS A LABORATORY VARIANT OF OXACILLINASE WITH ENGINEERED INSERTION WGMGVTPQVG REPLACING UNP RESIDUES 208-220.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.8 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月27日
放射モノクロメーター: Si 111 Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→33.43 Å / Num. all: 85904 / Num. obs: 81931 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 11977 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345MOSAICデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K55

1k55


解像度: 1.95→25.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 6.07 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20967 4100 5 %RANDOM
Rwork0.16636 ---
all0.16852 77737 --
obs0.16852 77737 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.631 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.133 Å0.135 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→25.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7690 0 127 494 8311
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0227963
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6161.95410724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5315963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.65225.114352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.658151423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9961532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.21159
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0331.54799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.87227744
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.79733164
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5164.52980
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 287 -
Rwork0.213 5721 -
obs-5721 99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.34190.2575-0.23690.44330.10890.47690.00910.0831-0.00250.05820.0322-0.0256-0.0172-0.0792-0.04130.092-0.01560.03210.02520.00270.075330.6247-0.4987-26.9712
20.3255-0.22980.22830.45870.11220.41590.0057-0.08990.0053-0.06210.039-0.0290.0164-0.0739-0.04470.08510.0175-0.03080.03110.00360.07630.63020.490327.0578
30.10680.0134-0.04860.09950.2480.9496-0.04550.04150.04160.06160.0634-0.01190.07840.0525-0.01790.08590.0302-0.03920.0521-0.00180.05645.36526.156555.411
40.042-0.02080.04570.15190.30310.9365-0.0289-0.0349-0.039-0.06360.072-0.0134-0.08410.051-0.0430.0858-0.02240.05120.05290.0050.056645.4267-6.0744-55.2863
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A21 - 262
2X-RAY DIFFRACTION2B21 - 262
3X-RAY DIFFRACTION3C21 - 262
4X-RAY DIFFRACTION4D22 - 262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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