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- PDB-1sfe: ADA O6-METHYLGUANINE-DNA METHYLTRANSFERASE FROM ESCHERICHIA COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sfe
タイトルADA O6-METHYLGUANINE-DNA METHYLTRANSFERASE FROM ESCHERICHIA COLI
要素ADA O6-METHYLGUANINE-DNA METHYLTRANSFERASE
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ENZYME / TRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / NUCLEIC ACID BINDING PROTEIN / DNA REPAIR PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / DNA alkylation repair / methylation / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / positive regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Ada DNA repair, metal-binding / Bifunctional regulatory protein Ada / Ada-like domain superfamily / Metal binding domain of Ada / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Helix-turn-helix domain / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain ...Ada DNA repair, metal-binding / Bifunctional regulatory protein Ada / Ada-like domain superfamily / Metal binding domain of Ada / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Helix-turn-helix domain / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional transcriptional activator/DNA repair enzyme Ada
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Moore, M.H. / Gulbis, J.M. / Dodson, E.J. / Demple, B. / Moody, P.C.E.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of a suicidal DNA repair protein: the Ada O6-methylguanine-DNA methyltransferase from E. coli.
著者: Moore, M.H. / Gulbis, J.M. / Dodson, E.J. / Demple, B. / Moody, P.C.
#1: ジャーナル: Novel Approaches in Anticancer Drug Design : Molecular Modelling--New Treatment Strategies (in: Contrib.Oncol., V.49)
年: 1995
タイトル: Crystal Structure of E.Coli O6-Methylguanine-DNA Methyltransferase
著者: Moody, P.C.E. / Moore, M.H.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Crystallization of O6-Methylguanine-DNA Methyltransferase from Escherichia Coli
著者: Moody, P.C. / Demple, B.
履歴
登録1996年6月21日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADA O6-METHYLGUANINE-DNA METHYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7671
ポリマ－19,7671
非ポリマー00
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.200, 45.950, 46.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ADA O6-METHYLGUANINE-DNA METHYLTRANSFERASE


分子量: 19766.586 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL 19KD OF THE ADA PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: B / 解説: TAC CONTROL / 遺伝子: ADAC / Variant: JM 101 / プラスミド: PADAC / 遺伝子 (発現宿主): ADAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P06134, methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: microdialysis / PH range low: 8 / PH range high: 7.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15-50 mg/mlprotein11
2200-500 mMsodium acetate11
310 mMdithiothreitol11
410-20 mMTris-acetate11
510 mMdithiothreitol12
6300 mMglucose12can be replaced by maltose
710 mMTris-acetate12

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A10.89
回転陽極RIGAKU RU30020.707
検出器
タイプID検出器
WEISSENBERG1DIFFRACTOMETER
RIGAKU2IMAGE PLATE
放射
ID単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Mx-ray1
2Mx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.891
20.7071
反射Num. obs: 9017 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.058
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 19437

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解析

ソフトウェア
名称分類
PROLSQ精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.1→39 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rwork0.219 -
all-9017
obs-9017
原子変位パラメータBiso mean: 44.9 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1257 0 0 145 1402
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0310.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0330.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.5922
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.593
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.5972
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.583
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1120.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.97
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor22.315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor41.420
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.219
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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