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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sd9 | ||||||
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タイトル | ARSENATE REDUCTASE C12S MUTANT +0.4M ARSENATE FROM E. COLI | ||||||
![]() | Arsenate reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ARSC / REDUCTASE / ARSENITE / ARSENATE | ||||||
機能・相同性 | ![]() arsenate reductase (glutathione/glutaredoxin) / arsenate reductase (glutaredoxin) activity / response to arsenic-containing substance 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | DeMel, S. / Edwards, B.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Arginine 60 in the ArsC arsenate reductase of E. coli plasmid R773 determines the chemical nature of the bound As(III) product. 著者: DeMel, S. / Shi, J. / Martin, P. / Rosen, B.P. / Edwards, B.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 374.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 374.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15833.175 Da / 分子数: 1 / 変異: C12S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P08692, arsenate reductase (glutathione/glutaredoxin) | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 50% saturated Cesium Sulfate, 100mM sodium acetate,5mM DTT, pH 4.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年1月28日 / 詳細: OSMIC MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→20 Å / Num. all: 29169 / Num. obs: 27713 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 17.9 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rsym value: 0.166 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.698 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.6117 / Mean I/σ(I) obs: 1.306 / Rsym value: 0.6117 / % possible all: 54.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NATIVE STRUCTURE 解像度: 1.65→20 Å / Num. parameters: 5908 / Num. restraintsaints: 4595 / 交差検証法: FREE R / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 5 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1442.23 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→20 Å
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拘束条件 |
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