PDB-1sbd: SOYBEAN AGGLUTININ COMPLEXED WITH 2,4-PENTASACCHARIDE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1sbd

タイトル

SOYBEAN AGGLUTININ COMPLEXED WITH 2,4-PENTASACCHARIDE

要素

SOYBEAN AGGLUTININ

キーワード

LECTIN / AGGLUTININ

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Glycine max (ダイズ)

手法

X線回折 / RIGID BODY REFINEMENT VS 1SBA / 解像度: 2.52 Å

データ登録者

Dessen, A. / Olsen, L.R. / Gupta, D. / Sabesan, S. / Brewer, C.F. / Sacchettini, J.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: X-ray crystallographic studies of unique cross-linked lattices between four isomeric biantennary oligosaccharides and soybean agglutinin.
著者: Olsen, L.R. / Dessen, A. / Gupta, D. / Sabesan, S. / Sacchettini, J.C. / Brewer, C.F.

履歴

登録	1995年7月13日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1998年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月10日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1sbd.cif.gz	60.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1sbd.ent.gz	41.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1sbd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/1sbd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/1sbd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1sbeC 1sbfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1sbf-1 2sba-1 1sbe-1 1qot-d 1g8w-d 1qos-1 1dzq-d 1qnw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (7) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (7)

登録構造単位

A: SOYBEAN AGGLUTININ

ヘテロ分子

28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SOYBEAN AGGLUTININ

ヘテロ分子

A: SOYBEAN AGGLUTININ

ヘテロ分子

A: SOYBEAN AGGLUTININ

ヘテロ分子

A: SOYBEAN AGGLUTININ

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
112 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.600, 144.600, 107.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

#1: タンパク質

SOYBEAN AGGLUTININ

分子量: 27595.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Glycine max (ダイズ) / 参照: UniProt: P05046

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION

分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

#4: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

構成要素の詳細

RATHER THAN PROTEIN-PROTEIN CONTACTS, THE DOMINANT FORCE IN THESE CRYSTALS IS SACCHARIDE-PROTEIN ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 5.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 77 %

結晶化

pH: 7.2 / 詳細: 0.1M HEPES, PH7.2,1MM CACL2,1MM MNCL2,0.15M NACL

結晶

*PLUS

溶媒含有率: 70 %

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Dessen, A., (1995) Biochemistry, 34, 4933.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	17 mg/ml	SBA	1	drop
2	0.755 mM	sugar	1	drop
3	0.1 M	HEPES	1	drop
4	1 mM		1	drop	CaCl2
5	1 mM		1	drop	MnCl2
6	0.375 M		1	drop	NaCl
7	0.1 M	HEPES	1	reservoir
8	1 mM		1	reservoir	CaCl2
9	1 mM		1	reservoir	MnCl2
10	0.5 M		1	reservoir	NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 287 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年10月9日 / 詳細: COLLIMATOR
放射	モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.52→99 Å / Num. obs: 18788 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 16.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / R_sym value: 0.14 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.52→2.67 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.411 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / R_sym value: 0.411 / % possible all: 54
反射	PLUS Num. measured all*: 112590
反射シェル	PLUS % possible obs*: 49 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR		モデル構築
TNT	5E	精密化
X-PLOR		精密化
XENGEN		データ削減
XENGEN		データスケーリング
X-PLOR		位相決定

精密化

構造決定の手法: RIGID BODY REFINEMENT VS 1SBA / 解像度: 2.52→15 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.205	-	-
all	-	18788	-
obs	-	18788	82 %

溶媒の処理

溶媒モデル: TNT / B_sol: 172 Å² / k_sol: 0.44 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.52→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1687	0	27	45	1759

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.017	3498	1.5
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	2.342	4786	3.8
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	18.573	1952	0
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct	0
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	0.01	67	5
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	0.026	522	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	5.054	3472	4
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	0.09	33	10

ソフトウェア

*PLUS

名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement

精密化

*PLUS

R_factor all: 0.205

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_deg	18.573	0
X-RAY DIFFRACTION	t_planar_d	0.01	5
X-RAY DIFFRACTION	t_plane_restr	0.026	5

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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