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- PDB-1s9v: Crystal structure of HLA-DQ2 complexed with deamidated gliadin peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s9v
タイトルCrystal structure of HLA-DQ2 complexed with deamidated gliadin peptide
要素
  • HLA class II histocompatibility antigen, DQ(1) beta chain
  • HLA class II histocompatibility antigen, DQ(3) alpha chain
  • alpha-I gliadin
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA-DQ2
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class II receptor activity / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / humoral immune response / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...MHC class II receptor activity / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / humoral immune response / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / endocytic vesicle membrane / late endosome membrane / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / immune response / Golgi membrane / lysosomal membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain / HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain / HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Kim, C.-Y. / Quarsten, H. / Bergseng, E. / Khosla, C. / Sollid, L.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Structural basis for HLA-DQ2-mediated presentation of gluten epitopes in celiac disease
著者: Kim, C.-Y. / Quarsten, H. / Bergseng, E. / Khosla, C. / Sollid, L.M.
履歴
登録2004年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DQ(3) alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DQ(1) beta chain
C: alpha-I gliadin
D: HLA class II histocompatibility antigen, DQ(3) alpha chain
E: HLA class II histocompatibility antigen, DQ(1) beta chain
F: alpha-I gliadin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,63810
ポリマ－92,3906
非ポリマー2484
水6,377354
1
A: HLA class II histocompatibility antigen, DQ(3) alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DQ(1) beta chain
C: alpha-I gliadin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3195
ポリマ－46,1953
非ポリマー1242
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6970 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area17780 Å2
手法PISA
2
D: HLA class II histocompatibility antigen, DQ(3) alpha chain
E: HLA class II histocompatibility antigen, DQ(1) beta chain
F: alpha-I gliadin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3195
ポリマ－46,1953
非ポリマー1242
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7070 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area17460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.11, 93.75, 102.72
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DQ(3) alpha chain / HLA-DQ2 alpha chain / HLA-DQA1*0501 / DC-alpha / HLA-DCA


分子量: 21752.373 Da / 分子数: 2 / 断片: residues (-1)-191 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P01909
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DQ(1) beta chain / HLA-DQ2 beta chain / DQB1*0201 / DC-3 beta chain


分子量: 23114.023 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-198 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P01918, UniProt: P01920*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド alpha-I gliadin


分子量: 1328.509 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.16 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: sodium acetate, ammonium acetate, ammonium sulfate, ethylene glycol, PEG 3350, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12-4 mg/mlprotein1drop
225 mMTris-HCl1droppH8.0
350 mMsodium acetate1reservoirpH3.5
4200 mMammonium acetate1reservoir
540 mMammonium sulfate1reservoir
64 %ethylene gylcol1reservoir
726 %PEG33501reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→69 Å / Num. obs: 44458
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / % possible obs: 93.9 % / Num. measured all: 288797 / Rmerge(I) obs: 0.092
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 76.5 % / Num. unique obs: 1677 / Num. measured obs: 4689 / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 2.182

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.22→69 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.283 -
Rwork0.221 -
obs-44458
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5960 0 16 354 6330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. reflection obs: 38843
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.348 / Rfactor Rwork: 0.294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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