[English] 日本語
Yorodumi- PDB-1s8i: Crystal structure of Lys49-Phospholipase A2 from Agkistrodon cont... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1s8i | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Lys49-Phospholipase A2 from Agkistrodon contortrix laticinctus, second fatty acid free form | ||||||
Components | Phospholipase A2 homolog | ||||||
Keywords | hydrolase / toxin / Lys49-Phospholipase A2 / snake venom / myotoxicity / fatty acid free form | ||||||
Function / homology | Function and homology information calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / heparin binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Agkistrodon contortrix laticinctus (broad-banded copperhead) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / Sulfur-SAD at CuKa wavelength / Resolution: 1.609 Å | ||||||
Authors | Ambrosio, A.L.B. / de Souza, D.H.F. / Nonato, M.C. / Selistre de Araujo, H.S. / Ownby, C.L. / Garratt, R.C. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2005 Title: A Molecular Mechanism for Lys49-Phospholipase A2 Activity Based on Ligand-induced Conformational Change. Authors: Ambrosio, A.L.B. / Nonato, M.C. / Selistre de Araujo, H.S. / Arni, R. / Ward, R.J. / Ownby, C.L. / de Souza, D.H.F. / Garratt, R.C. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1s8i.cif.gz | 36.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb1s8i.ent.gz | 28.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1s8i.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 1s8i_validation.pdf.gz | 431.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 1s8i_full_validation.pdf.gz | 432.2 KB | Display | |
Data in XML | 1s8i_validation.xml.gz | 8.5 KB | Display | |
Data in CIF | 1s8i_validation.cif.gz | 11.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/1s8i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/1s8i | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 14049.392 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: Snake venom protein Source: (natural) Agkistrodon contortrix laticinctus (broad-banded copperhead) Species: Agkistrodon contortrix / Strain: laticinctus / References: UniProt: P49121, phospholipase A2 |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 49.1 % | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: TRIS-HCl, ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU ULTRAX 18 / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 20, 2002 / Details: mirror |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.609→26.631 Å / Num. all: 35913 / Num. obs: 19354 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 49.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.609→1.65 Å / Redundancy: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Rsym value: 0.314 / % possible all: 99.8 |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 1.61 Å / Lowest resolution: 26.5 Å / Num. obs: 35959 / Num. measured all: 526515 |
Reflection shell | *PLUS Highest resolution: 1.61 Å / % possible obs: 99.8 % |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: Sulfur-SAD at CuKa wavelength Resolution: 1.609→26.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.211 / SU ML: 0.044 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.083 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 15.416 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.609→26.63 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.609→1.651 Å / Total num. of bins used: 20 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS Highest resolution: 1.61 Å / Lowest resolution: 26.5 Å / Rfactor Rfree: 0.205 / Rfactor Rwork: 0.186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
|