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Yorodumi- PDB-1s8g: Crystal structure of Lys49-Phospholipase A2 from Agkistrodon cont... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1s8g | ||||||
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Title | Crystal structure of Lys49-Phospholipase A2 from Agkistrodon contortrix laticinctus, fatty acid bound form | ||||||
Components | Phospholipase A2 homolog | ||||||
Keywords | hydrolase / toxin / Lys49-Phospholipase A2 / snake venom / myotoxicity / fatty acid bound form | ||||||
Function / homology | Function and homology information calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / heparin binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Agkistrodon contortrix laticinctus (broad-banded copperhead) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Ambrosio, A.L.B. / de Souza, D.H.F. / Nonato, M.C. / Selistre de Araujo, H.S. / Ownby, C.L. / Garratt, R.C. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2005 Title: A Molecular Mechanism for Lys49-Phospholipase A2 Activity Based on Ligand-induced Conformational Change. Authors: Ambrosio, A.L.B. / Nonato, M.C. / Selistre de Araujo, H.S. / Arni, R. / Ward, R.J. / Ownby, C.L. / de Souza, D.H.F. / Garratt, R.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1s8g.cif.gz | 40.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1s8g.ent.gz | 27.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1s8g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 1s8g_validation.pdf.gz | 455 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 1s8g_full_validation.pdf.gz | 455.8 KB | Display | |
Data in XML | 1s8g_validation.xml.gz | 8.1 KB | Display | |
Data in CIF | 1s8g_validation.cif.gz | 10.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/1s8g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/1s8g | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1s8hC 1s8iC 1ppaS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14049.392 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: Snake venom protein Source: (natural) Agkistrodon contortrix laticinctus (broad-banded copperhead) Species: Agkistrodon contortrix / Strain: laticinctus / References: UniProt: P49121, phospholipase A2 |
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#3: Chemical | ChemComp-DAO / |
#4: Chemical | ChemComp-GOL / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 58.64 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: cacodylate, ammonium sulfate, PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: LNLS / Beamline: D03B-MX1 / Wavelength: 1.544 Å |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 11, 2001 / Details: mirror |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.544 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→57.3 Å / Num. all: 7960 / Num. obs: 7960 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rsym value: 0.118 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.41 Å / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.118 / % possible all: 99.7 |
Reflection | *PLUS Num. measured all: 101833 |
Reflection shell | *PLUS Lowest resolution: 2.36 Å / % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.382 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1PPA Resolution: 2.3→57.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 6.687 / SU ML: 0.157 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.222 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.135 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→57.3 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Highest resolution: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.247 / Rfactor Rwork: 0.205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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