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- PDB-1s7e: Solution structure of HNF-6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s7e
タイトルSolution structure of HNF-6
要素Hepatocyte nuclear factor 6
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription regulation / Homeobox / DNA-binding / Nuclear protein
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic D cell differentiation / pancreatic A cell differentiation / enteroendocrine cell differentiation / type B pancreatic cell differentiation / regulation of cell-matrix adhesion / endocrine pancreas development / endoderm development / pancreas development / epithelial cell development / cilium assembly ...pancreatic D cell differentiation / pancreatic A cell differentiation / enteroendocrine cell differentiation / type B pancreatic cell differentiation / regulation of cell-matrix adhesion / endocrine pancreas development / endoderm development / pancreas development / epithelial cell development / cilium assembly / anatomical structure morphogenesis / cell fate commitment / spleen development / Notch signaling pathway / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / B cell differentiation / liver development / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / glucose metabolic process / cell migration / positive regulation of cell migration / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / CUT domain / CUT domain / CUT domain profile. / CUT / Homeodomain / lambda repressor-like DNA-binding domains / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain ...: / CUT domain / CUT domain / CUT domain profile. / CUT / Homeodomain / lambda repressor-like DNA-binding domains / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatocyte nuclear factor 6
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Liao, X. / Sheng, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure of the hepatocyte nuclear factor 6alpha and its interaction with DNA.
著者: Sheng, W. / Yan, H. / Rausa, F.M. / Costa, R.H. / Liao, X.
履歴
登録2004年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatocyte nuclear factor 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3871
ポリマ－17,3871
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest target function

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要素

#1: タンパク質 Hepatocyte nuclear factor 6 / HNF-6 / One cut domain family member 1


分子量: 17387.197 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA binging domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: FVB-N / 遺伝子: RPOD / 器官: liver / プラスミド: PET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O08755

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D HNCA
2322D 15N HSQC
3433D 13C-separated NOESY
3532D NOESY
4643D HN(CA)CB, CBCA(CO)NH
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D and 3D homonuclear and heteronuclear techniques

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM HNF-6 U-15N,13C, 50mM phosphate buffer NA, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM HNF-6 U-15N, 50mM phosphate buffer NA, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
31mM HNF-6 U-15N,13C 2H, 50mM phosphate buffer NA, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
41mM HNF-6 U-13C, 50mM phosphate buffer NA, 100% D2O100% D2O
試料状態pH: 6.5 / 温度: 295 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DMXBrukerDMX7502
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5Guentert構造決定
DYANA1.5Guentert精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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