PDB-5ds2: Core domain of the class I small heat-shock protein HSP 18.1 from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ds2

タイトル

Core domain of the class I small heat-shock protein HSP 18.1 from Pisum sativum

要素

18.1 kDa class I heat shock protein

キーワード

CHAPERONE / small heat-shock protein / stress

機能・相同性

機能・相同性情報

protein stabilization / protein-containing complex / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pisum sativum (エンドウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Shepherd, D.A. / Laganowsky, A. / Allison, T.M. / Hochberg, G.K.A. / Benesch, J.L.P.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structural principles that enable oligomeric small heat-shock protein paralogs to evolve distinct functions.
著者: Hochberg, G.K.A. / Shepherd, D.A. / Marklund, E.G. / Santhanagoplan, I. / Degiacomi, M.T. / Laganowsky, A. / Allison, T.M. / Basha, E. / Marty, M.T. / Galpin, M.R. / Struwe, W.B. / Baldwin, A. ...

履歴

登録	2015年9月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ds2.cif.gz	255.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ds2.ent.gz	209.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ds2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/5ds2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/5ds2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ds1C 1gmeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2h50-4 2h53-11 2h53-5 2h53-12 2h53-7 2h53-6 2h53-8 2h53-4 2h53-3 2h53-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (4) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 18.1 kDa class I heat shock protein

B: 18.1 kDa class I heat shock protein

C: 18.1 kDa class I heat shock protein

D: 18.1 kDa class I heat shock protein

E: 18.1 kDa class I heat shock protein

F: 18.1 kDa class I heat shock protein

ヘテロ分子

67.6 kDa, 6 ポリマー
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1

A: 18.1 kDa class I heat shock protein

B: 18.1 kDa class I heat shock protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: 18.1 kDa class I heat shock protein

D: 18.1 kDa class I heat shock protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.5 kDa, 2 ポリマー
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3

E: 18.1 kDa class I heat shock protein

F: 18.1 kDa class I heat shock protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	89.060, 89.060, 142.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 95 / Label seq-ID: 2 - 95

NCSアンサンブル:

ID
1
2
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#1: タンパク質	18.1 kDa class I heat shock protein / HSP 18.1 分子量: 10999.469 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 50-143 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: HSP18.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19243
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.38 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: c18.1 crystallised in 200 mM Li2SO4, 100 mM Tris-HCl, pH8.5, 30 % (w/v) PEG 400 in hanging drop plates at room temperature.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.843 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.843 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→77.13 Å / Num. obs: 56563 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.02 % / R_rim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 35.12

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1gme

1gme

解像度: 1.85→77.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 7.962 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24487	2844	5 %	RANDOM
R_work	0.20337	-	-	-
obs	0.2054	53717	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.791 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.24 Å²	0.12 Å²	0 Å²
2-	-	0.24 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.85→77.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4493	0	85	340	4918

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	4677
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.011	0.02	4485
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.746	1.983	6311
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.645	3	10343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.881	5	568
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.848	23.665	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.294	15	889
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.384	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	701
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	5125
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	992
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.013	2.318	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.008	2.317	2262
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.67	3.466	2822
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.671	3.467	2823
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.445	2.792	2414
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.709	2.619	2346
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.919	3.81	3383
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.589	19.908	5075
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.301	18.809	4875
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	5172	0.11
1	2	B	5172	0.11
2	1	A	5180	0.1
2	2	C	5180	0.1
3	1	A	5170	0.1
3	2	D	5170	0.1
4	1	A	5120	0.12
4	2	E	5120	0.12
5	1	A	5221	0.11
5	2	F	5221	0.11
6	1	B	5075	0.11
6	2	C	5075	0.11
7	1	B	5051	0.09
7	2	D	5051	0.09
8	1	B	5262	0.1
8	2	E	5262	0.1
9	1	B	5037	0.11
9	2	F	5037	0.11
10	1	C	5118	0.1
10	2	D	5118	0.1
11	1	C	5092	0.1
11	2	E	5092	0.1
12	1	C	5208	0.09
12	2	F	5208	0.09
13	1	D	5098	0.11
13	2	E	5098	0.11
14	1	D	5125	0.11
14	2	F	5125	0.11
15	1	E	5072	0.11
15	2	F	5072	0.11

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.365	255	-
R_work	0.326	3873	-
obs	-	-	99.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	18.1752	-8.1058	0.5273	8.6204	-9.922	18.8391	0.012	-1.1222	0.9672	1.0698	0.4296	-0.1538	-2.2016	0.1073	-0.4416	0.4354	-0.0482	-0.0409	0.1381	-0.0247	0.2756	-41.037	0.886	-17.889
2	5.1369	-1.9637	4.1746	4.1702	-3.7883	9.6809	0.1035	-0.2216	-0.2263	-0.3054	0.0527	0.3947	0.3338	-0.3868	-0.1562	0.1821	0.0654	-0.1298	0.0524	-0.0508	0.1402	-48.47	-4.66	-23.547
3	10.5921	-7.4298	9.6601	7.6019	-11.3383	31.819	-0.3479	-0.4762	0.1005	-0.0223	0.4093	0.137	-0.4394	-0.8884	-0.0614	0.1748	0.0519	-0.0814	0.1564	-0.0235	0.154	-54.68	1.308	-22.137
4	7.6456	2.9357	4.7078	1.9055	1.6317	2.9419	0.6833	-0.7653	-0.55	0.3494	-0.3281	-0.1832	0.3699	-0.4983	-0.3552	0.6304	0.1752	-0.1119	0.6122	0.1317	0.1987	-46.09	-8.611	-7.602
5	16.7239	-6.6162	10.9157	9.893	-4.1523	9.1654	-0.4334	-0.3792	-0.2995	0.3333	0.6121	0.3839	-0.0888	-0.5925	-0.1788	0.4424	-0.0011	0.0477	0.3917	0.0493	0.1495	-35.482	-16.565	6.214
6	2.224	-1.4599	3.6529	16.0249	-0.5662	14.5876	0.0625	0.0711	0.3159	0.9523	-0.2536	-0.6505	0.0295	0.1331	0.1912	0.315	0.1314	-0.0416	0.1045	-0.0276	0.1193	-29.134	-8.49	-1.169
7	16.3417	-12.8761	20.3143	20.6075	-13.1651	26.673	-0.2104	-0.3396	-0.0154	0.4009	-0.0879	0.0307	0.2024	-0.3706	0.2984	0.29	0.1226	0.1234	0.2036	-0.0123	0.273	-46.1	-2.872	-8.796
8	7.9909	-2.8383	4.5368	1.9103	-3.4034	12.1613	-0.2405	-0.4838	0.0811	-0.1772	0.3768	0.1906	-0.2649	-1.1866	-0.1363	0.3876	0.181	-0.2136	0.2439	-0.0642	0.1902	-54.643	1.349	-28.071
9	9.7588	-8.669	9.7775	11.8632	-10.8534	11.4399	0.4342	0.3442	-0.3395	-0.5283	0.0173	0.5998	0.5585	0.1514	-0.4515	0.1989	0.0592	-0.1425	0.0579	-0.0301	0.1608	-46.607	-8.547	-26.062
10	12.4471	-6.1894	8.9303	5.7206	-5.607	18.8078	-0.2956	0.3531	0.5553	0.2299	-0.0797	-0.3504	-0.8006	0.3621	0.3753	0.4128	0.1282	0.0094	0.1021	-0.0316	0.1732	-28.923	-8.668	-6.132
11	4.1299	-2.9109	4.0768	4.2067	-5.5726	12.0833	0.0101	-0.2698	-0.25	0.155	0.2269	0.2323	0.3865	-0.332	-0.2371	0.2075	0.074	-0.0519	0.0821	-0.0184	0.1083	-29.93	-16.393	-4.673
12	20.7182	-6.5104	12.6918	6.9024	-4.7509	20.7941	0.0985	1.2764	-0.5648	0.2271	0.0022	-0.2665	0.1185	1.5274	-0.1007	0.3018	0.1401	-0.006	0.2035	-0.0407	0.1957	-20.661	-16.65	-14.217
13	14.3133	-5.5084	8.1018	6.257	-6.6613	19.9712	0.2954	1.0388	0.3327	-0.2987	-0.2609	-0.1343	0.5317	1.0084	-0.0345	0.1975	0.101	-0.0143	0.1404	-0.0125	0.1036	-23.029	-11.399	-15.95
14	37.1548	-27.1605	42.5304	20.1797	-33.3695	66.1502	0.5607	0.6851	-0.7055	-0.2971	-0.4663	0.3543	-0.0372	1.3936	-0.0944	0.4908	0.0774	-0.0738	0.5894	-0.1413	0.3684	-34.381	-4.001	-34.21
15	8.372	-0.1741	4.5786	5.6396	0.0103	13.0465	-0.3538	0.6749	0.309	-0.654	-0.102	-0.0576	-0.6375	0.4405	0.4558	0.2358	0.0178	-0.0759	0.0998	0.048	0.141	-40.424	3.245	-29.609
16	7.5976	-3.5535	9.3036	3.9348	-2.4254	14.2388	-0.1167	0.6016	0.7042	0.0409	-0.2755	-0.4509	-0.0285	0.2708	0.3921	0.2062	0.0436	-0.0923	0.2973	0.1533	0.225	-22.607	-7.331	-14.16
17	5.1839	-6.6592	1.8327	24.0865	5.6441	8.1744	-0.1616	0.153	0.3689	0.1548	0.2645	-1.6244	-0.2018	1.0652	-0.1029	0.226	0.0858	-0.1076	0.2605	-0.0051	0.333	-17.609	-20.045	-0.969
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48	X-RAY DIFFRACTION	48	F	23 - 29
49	X-RAY DIFFRACTION	49	F	30 - 35
50	X-RAY DIFFRACTION	50	F	36 - 45
51	X-RAY DIFFRACTION	51	F	46 - 53
52	X-RAY DIFFRACTION	52	F	54 - 61
53	X-RAY DIFFRACTION	53	F	62 - 72
54	X-RAY DIFFRACTION	54	F	73 - 95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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