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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s6p | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) IN COMPLEX WITH JANSSEN-R100943 | ||||||
![]() | (POL polyprotein [Contains: Reverse transcriptase]) x 2 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / REVERSE TRANSCRIPTASE / NNRTI / NONNUCLEOSIDE INHIBITOR / PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX / AIDS / DRUG DESIGN / DRUG RESISTANCE | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Das, K. / Arnold, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Roles of Conformational and Positional Adaptability in Structure-Based Design of TMC125-R165335 (Etravirine) and Related Non-nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors That Are Highly ...タイトル: Roles of Conformational and Positional Adaptability in Structure-Based Design of TMC125-R165335 (Etravirine) and Related Non-nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors That Are Highly Potent and Effective against Wild-Type and Drug-Resistant HIV-1 Variants 著者: Das, K. / Clark Jr., A.D. / Lewi, P. / Heeres, J. / Dejonge, M. / Koymans, L. / Vinkers, H. / Daeyaert, F. / Ludovici, D.W. / Kukla, M.J. / Decorte, B. / Kavash, R.W. / Ho, C.Y. / Ye, H. / ...著者: Das, K. / Clark Jr., A.D. / Lewi, P. / Heeres, J. / Dejonge, M. / Koymans, L. / Vinkers, H. / Daeyaert, F. / Ludovici, D.W. / Kukla, M.J. / Decorte, B. / Kavash, R.W. / Ho, C.Y. / Ye, H. / Lichtenstein, M. / Andries, K. / Pauwles, R. / Debethune, M.-P. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Hughes, S.H. / Janssen, P.A. / Arnold, E. #1: ![]() タイトル: Structure of HIV-1 RT/TIBO R 86183 Complex Reveals Similarity in the Binding of Diverse Nonnucleoside Inhibitors. 著者: Ding, J. / Das, K. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Janssen, P.A.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #2: ![]() タイトル: Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in a Complex with the Non-Nucleoside Inhibitor Alpha-Apa R 95845 at 2.8 A Resolution. 著者: Ding, J. / Das, K. / Tantillo, C. / Zhang, W. / Clark Jr., A.D. / Jessen, S. / Lu, X. / Hsiou, Y. / Jacobo-Molina, A. / Andries, K. / Pauwels, R. / Moereels, H. / Koymans, L. / Janssen, P.A.J. ...著者: Ding, J. / Das, K. / Tantillo, C. / Zhang, W. / Clark Jr., A.D. / Jessen, S. / Lu, X. / Hsiou, Y. / Jacobo-Molina, A. / Andries, K. / Pauwels, R. / Moereels, H. / Koymans, L. / Janssen, P.A.J. / Smith Jr., R.H. / Kroeger Koepke, M. / Michejda, C.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #3: ![]() タイトル: Crystal Structures of 8-Cl and 9-Cl TIBO Complexed with Wild-Type HIV-1 RT and 8-Cl TIBO Complexed with the Tyr181Cys HIV-1 RT Drug-Resistant Mutant. 著者: Das, K. / Ding, J. / Hsiou, Y. / Clark Jr., A.D. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Pauwels, R. / Janssen, P.A. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Smith Jr., R.H. / Kroeger Smith, M.B. / ...著者: Das, K. / Ding, J. / Hsiou, Y. / Clark Jr., A.D. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Pauwels, R. / Janssen, P.A. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Smith Jr., R.H. / Kroeger Smith, M.B. / Michejda, C.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #4: ![]() タイトル: Structure and Functional Implications of the Polymerase Active Site Region in a Complex of HIV-1 RT with a Double-Stranded DNA Template-Primer and an Antibody Fab Fragment at 2.8 A Resolution. 著者: Ding, J. / Das, K. / Hsiou, Y. / Sarafianos, S.G. / Clark Jr., A.D. / Jacobo-Molina, A. / Tantillo, C. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #5: ![]() タイトル: Evolution of Anti-HIV Drug Candidates. Part 1: From Alpha-Anilinophenylacetamide (Alpha-Apa) to Imidoyl Thiourea (Itu). 著者: Ludovici, D.W. / Kukla, M.J. / Grous, P.G. / Krishnan, S. / Andries, K. / De Bethune, M. / Azijn, H. / Pauwels, R. / De Clercq, E. / Arnold, E. / Janssen, P.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 216.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 171.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 742 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 858.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 54.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 74.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64500.965 Da / 分子数: 1 / 断片: P66 SUBUNIT / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 解説: HIV-1 CLONE 12; / 遺伝子: POL / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 50281.762 Da / 分子数: 1 / 断片: P51 SUBUNIT / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 解説: HIV-1 CLONE 12 / 遺伝子: POL / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-IET / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.33 % |
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結晶化 | pH: 6.8 / 詳細: pH 6.80 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.908 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 31923 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.098 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→2.95 Å / % possible all: 80.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.032
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