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万見
- PDB-1s6i: Ca2+-regulatory region (CLD) from soybean calcium-dependent prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s6i
タイトルCa2+-regulatory region (CLD) from soybean calcium-dependent protein kinase-alpha (CDPK) in the presence of Ca2+ and the junction domain (JD)
要素Calcium-dependent protein kinase SK5
キーワードTRANSFERASE / PLANT PROTEIN / EF-hand / helix-loop-helix / calcium-binding / calmodulin superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / calmodulin binding / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / calcium ion binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...: / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-dependent protein kinase SK5
類似検索 - 構成要素
生物種Glycine max (ダイズ)
手法溶液NMR / simulated annealing; molecular dynamics; matrix relaxation
データ登録者Weljie, A.M. / Vogel, H.J.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Unexpected structure of the Ca2+-regulatory region from soybean calcium-dependent protein kinase-alpha
著者: Weljie, A.M. / Vogel, H.J.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Conformational changes in the Ca2+-regulatory region from soybean calcium-dependent protein kinase-alpha: fluorescence resonance energy transfer studies
著者: Weljie, A.M. / Robertson, K.M. / Vogel, H.J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Solution Structure and Backbone Dynamics of the N-Terminal Region of the Calcium Regulatory Domain from Soybean Calcium-Dependent Protein Kinase alpha
著者: Weljie, A.M. / Gagne, S.M. / Vogel, H.J.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: A calcium-dependent protein kinase with a regulatory domain similar to calmodulin
著者: Harper, J.F. / Sussman, M.R. / Schaller, G.E. / Putnam-Evans, C. / Charbonneau, H. / Harmon, A.C.
履歴
登録2004年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-dependent protein kinase SK5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4215
ポリマ－21,2611
非ポリマー1604
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 200structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 Calcium-dependent protein kinase SK5 / E.C.2.7.1.- / CDPK / calcium-dependent protein kinase-alpha


分子量: 21260.645 Da / 分子数: 1 / 断片: Calmodulin-like domain (CLD) and C-terminal tail / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ)
解説: Ca2+-binding region and C-terminal tail, along with His(6) at C-terminus
遺伝子: CDPK SK5 / プラスミド: PT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P28583, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2113D 13C-separated NOESY
2213D 15N-separated NOESY
1313D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM U-15N,13C CLD; 0.9 mM unlabelled JD peptide; 50 mM H2-Imidazole, pH 7.3; 150 mM NaCl; 10 mM CaCl2; 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
20.5 mM U-15N CLD; 0.6 mM unlabelled JD peptide; 50 mM H2-Imidazole, pH 7.3; 200 mM NaCl; 10 mM CaCl2; 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
30.5 mM unlabelled CLD; 0.6 mM unlabelled JD peptide; 50 mM H2-Imidazole, pH 7.3; 200 mM NaCl,10 mM CaCl2; 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
40.4 mM U-15N CLD; 50 mM H2-Imidazole, pH 7.3; 200 mM NaCl; 10 mM CaCl2; 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1200 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 50 mM H2-Imidazole 7.3ambient 313 K
2150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 50 mM H2-Imidazole 7.3ambient 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
NMRPipe2.1Delaglio and Bax解析
NMRView5.04Johnsonデータ解析
CNS1.1Brunger構造決定
ARIA1.2Nilgesiterative matrix relaxation
VNMRunknownVariancollection
CNS1.1Brunger精密化
精密化手法: simulated annealing; molecular dynamics; matrix relaxation
ソフトェア番号: 1
詳細: Based on 3051 unambiguous NOE-derived restraints, 1183 ambiguous NOE-derived restraints, 122 dihedral angle restraints (TALOS derived), 45 HN residual dipolar coupling restraints
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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