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- PDB-1s6c: Crystal structure of the complex between KChIP1 and Kv4.2 N1-30 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s6c
タイトルCrystal structure of the complex between KChIP1 and Kv4.2 N1-30
要素
  • Kv4 potassium channel-interacting protein KChIP1b
  • Potassium voltage-gated channel subfamily D member 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / EF-hand
機能・相同性
機能・相同性情報


Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / Kv4.3-KChIP1 channel complex / Kv4.2-KChIP2 channel complex / cardiac muscle cell action potential / A-type (transient outward) potassium channel activity / Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / perinuclear endoplasmic reticulum / positive regulation of action potential ...Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / Kv4.3-KChIP1 channel complex / Kv4.2-KChIP2 channel complex / cardiac muscle cell action potential / A-type (transient outward) potassium channel activity / Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / perinuclear endoplasmic reticulum / positive regulation of action potential / membrane repolarization / regulation of potassium ion transmembrane transport / anchoring junction / postsynaptic specialization membrane / neuronal cell body membrane / locomotor rhythm / monoatomic ion channel activity / action potential / plasma membrane raft / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel activity / regulation of signal transduction / potassium channel regulator activity / neuronal action potential / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / sensory perception of pain / T-tubule / muscle contraction / sarcolemma / GABA-ergic synapse / protein homooligomerization / caveola / potassium ion transport / cellular response to mechanical stimulus / cytoplasmic side of plasma membrane / cellular response to xenobiotic stimulus / perikaryon / cellular response to hypoxia / dendritic spine / transmembrane transporter binding / postsynaptic membrane / neuronal cell body / dendrite / calcium ion binding / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage dependent, Kv4.2 / Potassium channel, voltage dependent, Kv4 / Potassium channel, voltage dependent, Kv4, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3399) / Shal-type voltage-gated potassium channels, N-terminal / Shal-type voltage-gated potassium channels, N-terminal / Recoverin family / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain ...Potassium channel, voltage dependent, Kv4.2 / Potassium channel, voltage dependent, Kv4 / Potassium channel, voltage dependent, Kv4, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3399) / Shal-type voltage-gated potassium channels, N-terminal / Shal-type voltage-gated potassium channels, N-terminal / Recoverin family / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Voltage-gated potassium channel / EF-hand domain pair / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / Voltage-dependent channel domain superfamily / BTB/POZ domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
A-type voltage-gated potassium channel KCND2 / A-type potassium channel modulatory protein KCNIP1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhou, W. / Qian, Y. / Kunjilwar, K. / Pfaffinger, P.J. / Choe, S.
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2004
タイトル: Structural insights into the functional interaction of KChIP1 with Shal-type K(+) channels.
著者: Zhou, W. / Qian, Y. / Kunjilwar, K. / Pfaffinger, P.J. / Choe, S.
履歴
登録2004年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kv4 potassium channel-interacting protein KChIP1b
B: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8084
ポリマ－24,7282
非ポリマー802
水2,702150
1
A: Kv4 potassium channel-interacting protein KChIP1b
B: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 2
ヘテロ分子

A: Kv4 potassium channel-interacting protein KChIP1b
B: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6168
ポリマ－49,4564
非ポリマー1604
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
Buried area8380 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area15950 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.744, 74.487, 85.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Kv4 potassium channel-interacting protein KChIP1b


分子量: 21760.275 Da / 分子数: 1 / 断片: Core domain (Residues 34-216) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: KChIP1 / プラスミド: pHIS8 (pET28_mod) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (ED3) / 参照: UniProt: Q8R426
#2: タンパク質・ペプチド Potassium voltage-gated channel subfamily D member 2 / Potassium channel Kv4.2 / Shal1 / RK5


分子量: 2967.552 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminus (Residues 1-30) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: KCND2 / プラスミド: pHIS8 (pET28_mod) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q63881
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 1000, magnesium nitrate, sodium cacodylate, DTT, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
125 mg/mlprotein1drop
25 mMTris1droppH8.0
350 mM1dropNaCl
4100 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.0
5100 mM1reservoirMgNO3
620 %PEG10001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.044 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月3日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.044 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. all: 16062 / Num. obs: 16062 / % possible obs: 97.5 %
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 94.76
反射
*PLUS
% possible obs: 100 % / Num. measured all: 148552 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.8 % / Mean I/σ(I) obs: 6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G8I

1g8i


解像度: 2→19.79 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.245 808 RANDOM
Rwork0.206 --
all-16042 -
obs-16042 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1515 0 2 150 1667
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.27
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.05
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.272

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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