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- PDB-1s5r: Solution Structure of HBP1 SID-mSin3A PAH2 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s5r
タイトルSolution Structure of HBP1 SID-mSin3A PAH2 Complex
要素
  • Sin3a protein
  • high mobility group box transcription factor 1
キーワードTRANSCRIPTION / Protein-peptide complex / Amphipathic helix motif / Four-helix bundle / Repressor-corepressor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to tert-butyl hydroperoxide / Regulation of MECP2 expression and activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / response to methylglyoxal / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / SUMOylation of transcription cofactors / regulation of hormone levels / cerebral cortex neuron differentiation / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / negative regulation of circadian rhythm ...cellular response to tert-butyl hydroperoxide / Regulation of MECP2 expression and activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / response to methylglyoxal / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / SUMOylation of transcription cofactors / regulation of hormone levels / cerebral cortex neuron differentiation / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / negative regulation of circadian rhythm / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / negative regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of potassium ion transport / negative regulation of lipid transport / cellular response to dopamine / transcription regulator inhibitor activity / negative regulation of protein localization to nucleus / regulation of axon extension / : / type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of stem cell population maintenance / Sin3-type complex / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / hematopoietic progenitor cell differentiation / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / activation of innate immune response / positive regulation of neuron differentiation / transcription repressor complex / negative regulation of cell migration / cellular response to glucose stimulus / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / heterochromatin formation / Wnt signaling pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / kinetochore / transcription corepressor activity / protein localization / rhythmic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / transcription regulator complex / DNA replication / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
HMG box-containing protein 1 / Ataxin, AXH domain / Ataxin, AXH domain superfamily / Ataxin-1 and HBP1 module (AXH) / AXH domain profile. / domain in Ataxins and HMG containing proteins / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) / Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal ...HMG box-containing protein 1 / Ataxin, AXH domain / Ataxin, AXH domain superfamily / Ataxin-1 and HBP1 module (AXH) / AXH domain profile. / domain in Ataxins and HMG containing proteins / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) / Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix superfamily / Paired amphipathic helix repeat / PAH domain profile. / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Paired amphipathic helix protein Sin3a / HMG box-containing protein 1 / HMG box-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / Torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Swanson, K.A. / Knoepfler, P.S. / Huang, K. / Kang, R.S. / Cowley, S.M. / Laherty, C.D. / Eisenman, R.N. / Radhakrishnan, I.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: HBP1 and Mad1 repressors bind the Sin3 corepressor PAH2 domain with opposite helical orientations.
著者: Swanson, K.A. / Knoepfler, P.S. / Huang, K. / Kang, R.S. / Cowley, S.M. / Laherty, C.D. / Eisenman, R.N. / Radhakrishnan, I.
履歴
登録2004年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: high mobility group box transcription factor 1
B: Sin3a protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9222
ポリマ－12,9222
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80The submitted conformers are the 20 structures with the lowest restraint energies, restraint violations, and RMS deviations from ideal covalent geometry.
代表モデルモデル #5closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド high mobility group box transcription factor 1


分子量: 2578.901 Da / 分子数: 1 / 断片: Sin3 Interaction Domain, Residues 6 to 21 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide sequence was synthesized using automated methods. The sequence is naturally found in Mus musculus (mouse).
参照: UniProt: Q8BUS3, UniProt: Q8R316*PLUS
#2: タンパク質 Sin3a protein


分子量: 10343.438 Da / 分子数: 1
断片: Paired Amphipathic Helix 2, (PAH2 repeat), Residues 295 to 383
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sin3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q60520

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY
1322D double half-filtered NOESY
1423D 13C-filtered,13C-edited NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.1 mM 1:1 SID UNLABELED, PAH2 U-15N90% H2O/10% D2O
21.4 mM 1:1 SID UNLABELED, PAH2 U-15N,13C100% D2O
試料状態イオン強度: 20 mM sodium phosphate, pH 6, 0.2% NaN3 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1bVarian NMR Inccollection
Felix98Accelrys解析
ARIA1.2Linge, Nilges精密化
CNS1.1Brunger精密化
精密化手法: Torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: The submitted conformers are the 20 structures with the lowest restraint energies, restraint violations, and RMS deviations from ideal covalent geometry.
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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