PDB-1s4r: Structure of a reaction intermediate in the photocycle of PYP ext...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1s4r

タイトル

Structure of a reaction intermediate in the photocycle of PYP extracted by a SVD-driven analysis

要素

Photoactive yellow protein

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / reaction intermediate

機能・相同性

機能・相同性情報

photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Schmidt, M. / Pahl, R. / Srajer, V. / Anderson, S. / Ren, Z. / Ihee, H. / Rajagopal, S. / Moffat, K.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Protein kinetics: Structures of intermediates and reaction mechanism from time-resolved x-ray data
著者: Schmidt, M. / Pahl, R. / Srajer, V. / Anderson, S. / Ren, Z. / Ihee, H. / Rajagopal, S. / Moffat, K.

履歴

登録	2004年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1s4r.cif.gz	40.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1s4r.ent.gz	27.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1s4r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1s4r_validation.pdf.gz	375.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1s4r_full_validation.pdf.gz	376.8 KB	表示
XML形式データ	1s4r_validation.xml.gz	4.4 KB	表示
CIF形式データ	1s4r_validation.cif.gz	6.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/1s4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s4/1s4r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1s4sC 2phyS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3umd-d 4wl9-d 2pyp-d 6p5f-d 2phy-d 6p5g-d 2zoi-d 1t1a-d 2pyr-d 6p5e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (5) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (2) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (2) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#207 - 2017年3月
光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein)
類似性 (5)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (2)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (2)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Photoactive yellow protein

ヘテロ分子

14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.900, 66.900, 40.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Photoactive yellow protein / PYP 分子量: 13888.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16113
#2: 化合物	ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / 4-ヒドロキシけい皮酸分子量: 164.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.17 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Ammoniumsulfate, potassium phosphate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	288	1
2	288	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	14-ID-B	1	1.0-1.5
シンクロトロン	APS	14-ID-B	2	1.0-1.5

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARRESEARCH	1	IMAGE PLATE	2000年12月1日
ADSC QUANTUM 4	2	CCD	2000年12月1日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	LAUE	L	neutron	1
2	LAUE	L	neutron	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1.5	1

反射

解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 8327 / Num. obs: 8327 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3

反射シェル

解像度: 1.9→40 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
KB_SCAN	データ収集
LaueView	データ削減
SVD4TX	データ削減
XTALVIEW	精密化
CNS	精密化
KB_SCAN	データ削減
LaueView	データスケーリング
SVD4TX	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2phy

2phy

解像度: 1.9→15 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2592	457	5 %	RANDOM
R_work	0.2421	-	-	-
obs	0.2421	8327	100 %	-
all	-	8327	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1066	0	11	89	1166

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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