PDB-1s3r: Crystal structure of the human-specific toxin intermedilysin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1s3r

タイトル

Crystal structure of the human-specific toxin intermedilysin

要素

intermedilysin

キーワード

TOXIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cholesterol binding / toxin activity / killing of cells of another organism / host cell plasma membrane / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus intermedius (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Polekhina, G. / Giddings, K.S. / Tweten, R.K. / Parker, M.W.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Insights into the action of the superfamily of cholesterol-dependent cytolysins from studies of intermedilysin
著者: Polekhina, G. / Giddings, K.S. / Tweten, R.K. / Parker, M.W.

履歴

登録	2004年1月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1s3r.cif.gz	204 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1s3r.ent.gz	162 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1s3r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1s3r_validation.pdf.gz	460.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1s3r_full_validation.pdf.gz	490 KB	表示
XML形式データ	1s3r_validation.xml.gz	41.6 KB	表示
CIF形式データ	1s3r_validation.cif.gz	59.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/1s3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/1s3r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5imw-2 1y42-1 5imw-1 3amt-d 4ojm-1 3nn0-1 2deu-1 3mac-d 3bg1-7 5r09-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: intermedilysin

B: intermedilysin

ヘテロ分子

119 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: intermedilysin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: intermedilysin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

4

A: intermedilysin

B: intermedilysin

ヘテロ分子

A: intermedilysin

B: intermedilysin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
237 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.450, 173.640, 105.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	B
1	6	A
2	6	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	ASP	ASP	A	A	57 - 74	60 - 77
2	1	SER	SER	ASP	ASP	B	B	57 - 74	60 - 77
1	2	VAL	VAL	VAL	VAL	A	A	103 - 324	106 - 327
2	2	VAL	VAL	VAL	VAL	B	B	103 - 324	106 - 327
1	3	ALA	ALA	THR	THR	A	A	380 - 414	383 - 417
2	3	ALA	ALA	THR	THR	B	B	380 - 414	383 - 417
1	4	ASP	ASP	GLY	GLY	A	A	418 - 441	421 - 444
2	4	ASP	ASP	GLY	GLY	B	B	418 - 441	421 - 444
1	5	ILE	ILE	GLY	GLY	A	A	450 - 485	453 - 488
2	5	ILE	ILE	GLY	GLY	B	B	450 - 485	453 - 488
1	6	ILE	ILE	LYS	LYS	A	A	497 - 528	500 - 531
2	6	ILE	ILE	LYS	LYS	B	B	497 - 528	500 - 531

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

詳細

monomer, two molecules present in asymmetric unit related by 2-fold non-crystallographic symmetry

#1: タンパク質	intermedilysin 分子量: 59064.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus intermedius (バクテリア) プラスミド: pTrcHisA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LCB8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.34 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	14-BM-C		1	0.9
回転陽極			RIGAKU	2	1.54

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2002年7月14日
MARRESEARCH	2	IMAGE PLATE	2002年4月23日	mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9	1
2	1.54	1

反射

解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 50420 / Num. obs: 50420 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 81.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.047 / R_sym value: 0.047 / Net I/σ(I): 37.7

反射シェル

解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / R_sym value: 0.368 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 14.688 / SU ML: 0.292 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.417 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2951	2570	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22901	-	-	-
all	0.265	50420	-	-
obs	0.23233	47850	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.356 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	12.99 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-9.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7356	0	20	451	7827

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	7528
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6676
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.582	1.942	10220
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.905	3	15620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.113	5	944
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8374
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1464
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	1705
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.251	0.2	8116
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	4612
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	309
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.134	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.251	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.227	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.721	1.5	4706
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.301	2	7618
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.844	3	2822
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.943	4.5	2602

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	272	medium positional	0.16	0.5
2	3236	medium positional	0.18	0.5
3	503	medium positional	0.18	0.5
4	363	medium positional	0.15	0.5
5	565	medium positional	0.15	0.5
6	506	medium positional	0.17	0.5
1	272	medium thermal	0.77	2
2	3236	medium thermal	1.35	2
3	503	medium thermal	1.65	2
4	363	medium thermal	0.97	2
5	565	medium thermal	1.02	2
6	506	medium thermal	0.51	2

LS精密化シェル

解像度: 2.59→2.69 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.554	166	-
R_work	0.464	3484	-
obs	-	5490	99.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3931	-0.5925	-0.0741	3.8209	0.3593	1.8011	-0.163	-0.112	0.259	0.881	0.189	-0.36	0.362	0.026	-0.026	0.6029	-0.035	-0.1583	0.6132	-0.0939	0.519	19.82	37.868	40.295
2	1.1768	1.4984	-0.2953	4.7805	-1.5486	5.8531	0.482	-0.391	-0.067	0.671	0.241	0.916	-0.438	-1.226	-0.723	1.0139	0.1447	-0.2968	0.9699	0.2921	0.8556	11.706	-14.974	52.526
3	0.8459	0.0014	0.3453	3.7823	1.0732	3.285	-0.094	0.076	-0.055	-0.419	0.1	-0.351	-0.533	0.139	-0.006	0.2742	0.0006	-0.0137	0.6532	-0.0824	0.577	20.064	-28.894	12.279
4	1.4247	-1.4148	1.4819	6.5301	-1.9767	6.5087	0.218	0.249	-0.109	0.026	0.311	1.103	0.294	-1.042	-0.529	0.4279	-0.144	0.1015	0.8555	0.1725	0.7219	9.602	26.124	2.225

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	56 - 416	59 - 419
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	417 - 528	420 - 531
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	56 - 416	59 - 419
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	417 - 528	420 - 531

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