+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1s3r | ||||||
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Title | Crystal structure of the human-specific toxin intermedilysin | ||||||
Components | intermedilysin | ||||||
Keywords | TOXIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information cholesterol binding / toxin activity / killing of cells of another organism / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptococcus intermedius (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MIR / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Polekhina, G. / Giddings, K.S. / Tweten, R.K. / Parker, M.W. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / Year: 2005 Title: Insights into the action of the superfamily of cholesterol-dependent cytolysins from studies of intermedilysin Authors: Polekhina, G. / Giddings, K.S. / Tweten, R.K. / Parker, M.W. #1: Journal: To be Published Title: Crystallization and preliminary X-ray analysis of the human-specific toxin intermedilysin Authors: Polekhina, G. / Giddings, K.S. / Tweten, R.K. / Parker, M.W. #2: Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2003 Title: Redefining cholesterol's role in the mechanism of the cholesterol-dependent cytolysins Authors: Giddings, K.S. / Johnson, A.E. / Tweten, R.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1s3r.cif.gz | 204 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1s3r.ent.gz | 162 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1s3r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 1s3r_validation.pdf.gz | 460.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 1s3r_full_validation.pdf.gz | 490 KB | Display | |
Data in XML | 1s3r_validation.xml.gz | 41.6 KB | Display | |
Data in CIF | 1s3r_validation.cif.gz | 59.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/1s3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/1s3r | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Refine code: 4
NCS ensembles :
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Details | monomer, two molecules present in asymmetric unit related by 2-fold non-crystallographic symmetry |
-Components
#1: Protein | Mass: 59064.875 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus intermedius (bacteria) / Plasmid: pTrcHisA / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9LCB8 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.68 Å3/Da / Density % sol: 66.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: PEG 8000, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.5→30 Å / Num. all: 50420 / Num. obs: 50420 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6 % / Biso Wilson estimate: 81.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 37.7 | ||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.59 Å / Redundancy: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rsym value: 0.368 / % possible all: 97.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MIR / Resolution: 2.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 14.688 / SU ML: 0.292 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.417 / ESU R Free: 0.316 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.356 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→30 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.59→2.69 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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