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万見
- PDB-1s2h: The Mad2 spindle checkpoint protein possesses two distinct native... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s2h
タイトルThe Mad2 spindle checkpoint protein possesses two distinct natively folded states
要素Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A
キーワードCELL CYCLE / Mad2 / spindle checkpoint protein
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic spindle assembly checkpoint MAD1-MAD2 complex / Inhibition of the proteolytic activity of APC/C required for the onset of anaphase by mitotic spindle checkpoint components / mitotic checkpoint complex / establishment of centrosome localization / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / nuclear pore nuclear basket / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / mitotic spindle assembly checkpoint signaling ...mitotic spindle assembly checkpoint MAD1-MAD2 complex / Inhibition of the proteolytic activity of APC/C required for the onset of anaphase by mitotic spindle checkpoint components / mitotic checkpoint complex / establishment of centrosome localization / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / nuclear pore nuclear basket / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / establishment of mitotic spindle orientation / mitotic sister chromatid segregation / negative regulation of mitotic cell cycle / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / RHO GTPases Activate Formins / negative regulation of protein catabolic process / kinetochore / spindle pole / mitotic spindle / Separation of Sister Chromatids / cell division / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A / HORMA domain / Mad2-like / HORMA domain / HORMA domain / HORMA domain profile. / HORMA domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Luo, X. / Tang, Z. / Xia, G. / Wassmann, K. / Matsumoto, T. / Rizo, J. / Yu, H.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The Mad2 spindle checkpoint protein has two distinct natively folded states.
著者: Luo, X. / Tang, Z. / Xia, G. / Wassmann, K. / Matsumoto, T. / Rizo, J. / Yu, H.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure of the Mad2 spindle assembly checkpoint protein and its interaction with Cdc20
著者: Luo, X. / Fang, G. / Coldiron, M. / Lin, Y. / Yu, H. / Kirschner, M.W. / Wagner, G.
#2: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2002
タイトル: The Mad2 Spindle Checkpoint Protein Undergoes Similar Major Conformational Changes upon Binding to Either Mad1 or Cdc20
著者: Luo, X. / Tang, Z. / Rizo, J. / Yu, H.
履歴
登録2004年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5051
ポリマ－23,5051
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A / MAD2-like 1 / HsMAD2


分子量: 23504.822 Da / 分子数: 1 / 変異: R133A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAD2L1, MAD2 / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15[pREP4] / 参照: UniProt: Q13257

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNCA, HN(CO)CA, HN(CA)CB, HN(COCA)CB
1223D 15N-separated NOESY
1333D 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8mM Mad2 protein U-15N,13C,2H90% H2O, 10% D2O; 50mM phosphate buffer; 0.3M KCl; 1mM DTT
20.8mM Mad2 protein U-15N90% H2O, 10% D2O; 50mM phosphate buffer; 0.3M KCl; 1mM DTT
30.8mM Mad2 protein U-15N,13C90% H2O, 10% D2O; 50mM phosphate buffer; 0.3M KCl; 1mM DTT
試料状態イオン強度: 0.3M KCl / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1Brunger, A.T.精密化
NMRPipe1.8Delaglio, F.解析
VNMR6.1Variancollection
NMRView4.1.2Johnson, B.A.データ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 2866 restraints, 2323 are NOE-derived distance constraints, 339 dihedral angle restraints,204 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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